На главную
Назад

Занятие 1.

8 бактерий отдела Firmicutes

НазваниеМнемоника
Bacillus anthracisBACAN
Bacillus subtilisBACSU
Clostridium botulinumCLOB1
Clostridium tetaniCLOTE
Enterococcus faecalisENTFA
Finegoldia magnaFINM2
Geobacillus kaustophilusGEOKA
Lactobacillus acidophilusLACAC


Собочная формула дерева

(((CLOTE, CLOB1), FINM2), ((LACAC, ENTFA), ((BACAN, BACSU), GEOKA)));

Изображение дерева


Нетривиальные ветви дерева


В данном случае, нетривиальными ветвями являются ветви:
  
1)       {BACAN,BACSU} VS {GEOKA,ENTFA,LACAC,FINM2,CLOB1,CLOTE}
2)       {LACAC,ENTFA} VS {GEOKA,BACAN,BACSU,FINM2,CLOB1,CLOTE}
3)       {CLOTE,CLOB1} VS {BACAN,BACSU,GEOKA,ENTFA,LACAC,FINM2}
4)       {BACAN,BACSU,GEOKA} VS {ENTFA,LACAC,FINM2,CLOB1,CLOTE}
5)       {FINM2,CLOB1,CLOTE} VS {BACAN,BACSU,GEOKA,ENTFA,LACAC}


Занятие 2.

  • Таксономия

    • БактерияТаксономическое положение
    Bacillus anthracis cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group
    Bacillus subtiliscellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
    Clostridium botulinumcellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
    Clostridium tetanicellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
    Enterococcus faecaliscellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus
    Finegoldia magnacellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiales incertae sedis; Clostridiales Family XI. Incertae Sedis; Finegoldia
    Geobacillus kaustophiluscellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus
    Lactobacillus acidophiluscellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus

    Выделяющие таксоны ветви:
    5) - отделяет класса Bacilli от Clostridia
    1) - выделяет представителей рода Bacillus
    2) - выделяет бактерий порядка Lactobacilliales
    3) - выделяет представителей рода Clostridium
    4) - выделяет представителей порядка Bacillales

  • белки и выравнивание

    • Программой seqret получил последовательности семейства белков EFG.
    Выравнивание выполнил программой muscle

  • fprotpars

    • Выдано лишь одно дерево. Его скобочная формула:
            (((((BACSU,BACAN),GEOKA),(ENTFA,LACAC)),(CLOTE,CLOB1)),FINM2)
    если правильно укоренить дерево, то все ветви совпадут с правильными:
     
                    +--BACSU     
                 +--7  
           +-----6  +--BACAN     
           !     !  
     +-----5     +-----GEOKA     
     !     !  
     !     !        +--ENTFA     
  +--3     +--------4  
  !  !              +--LACAC     
  !  !  
  1  !              +--CLOTE     
  !  +--------------2  
  !                 +--CLOB1     
  !  
  +--------------------FINM2


  • fprotdist

    • выдача программы:
     
      8
FINM2       0.000000  0.417121  0.434821  0.572037  0.469923  0.439417
  0.402205  0.434245
CLOB1       0.417121  0.000000  0.223935  0.502092  0.468096  0.389762
  0.399930  0.389758
CLOTE       0.434821  0.223935  0.000000  0.524961  0.486521  0.410978
  0.404516  0.407988
LACAC       0.572037  0.502092  0.524961  0.000000  0.354506  0.369642
  0.387938  0.373251
ENTFA       0.469923  0.468096  0.486521  0.354506  0.000000  0.273624
  0.241099  0.258810
GEOKA       0.439417  0.389762  0.410978  0.369642  0.273624  0.000000
  0.155204  0.182882
BACAN       0.402205  0.399930  0.404516  0.387938  0.241099  0.155204
  0.000000  0.133616
BACSU       0.434245  0.389758  0.407988  0.373251  0.258810  0.182882
  0.133616  0.000000

    отклонение от ультраметричности:
    в теории:
    d(FINM2,CLOB1)=d(FINM2,CLOTE);
    d(BACAN,GEOKA)=d(BACSU,GEOKA);
    в действительности:
    d(FINM2,CLOB1) = 0.417121; d(FINM2,CLOTE) = 0.434821
    d(BACAN,GEOKA) = 0.155204; d(BACSU,GEOKA) = 0.182882
    отклонение: 0.017700 и 0.027678 соответственно;

    отклонение от аддитивности:
    1) d(ENTFA,GEOKA) + d(BACAN,BACSU) = 0.407240
    2) d(ENTFA,BACSU) + d(BACAN,GEOKA) = 0.414014
    3) d(ENTFA,BACAN) + d(BACSU,GEOKA) = 0.423981
    отклонение небольшое, всего 0.00967

  • fneighbor


    • Слева: алгоритм UPGMA, справа: алгоритм Neighbor-Joining
    _____

    Дерево, построенное при помощи алгоритма UPGMA отличается от правильного тем что не объединяет LACAC и ENTFA (не очень родственны) в один таксон;
    неукорененное же с ним совпадает.
    Это может быть следствием отклонения от ультраметричности.