Занятие 3

Укоренение в среднюю точку.

Уоренение в среднюю точку не получится сделать методом максимальной экономии, ибо он не испульзует расстояния.
Проделывать эту операцию с UPGMA-построенным деревом бессмысленно, так как оно уже укоренено.

Укоренение произошло в ветвь:

  {FINM2,CLOB1,CLOTE} VS {BACAN,BACSU,GEOKA,ENTFA,LACAC}

Дерево полностью совпадает с правильным, соответственно имеет объединяющую LACAC и ENTFA ветвь, отсутствующую в UPGMA-дереве.

Использование внешней группы

EFG-белок E.coli - внешняя группа.
Дерево-результат

Полученное дерево с удаленной внешней группой.

___

Дерево укоренилось почти правильно, в ветвть

 {FINM2} VS {CLOB1,CLOTE,BACAN,BACSU,GEOKA,ENTFA,LACAC}

Таким образом, можно сказать, что в этом случае использование внешней группы оказалось успешным.
Отчасти, как и вдругих случаях, построение более или менее "правильных" деревьев из моей выборки бусловлено выбором EFG - большого белка.

Бутстрэп

Полученное дерево аналогично fprotpars-дереву и при правильном укоренении тоже станет верным.
Не включены в дерево были ветви с поддержкой меньше 16. Если проанализировать их, то можно убедиться,
что они соотносят несопоставляемые таксоны, например 3 клостридии и 1 бациллу, и не верны.

 
                                  +---------------FINM2
                          +-100.0-|
                          |       |       +-------CLOTE
                          |       +-100.0-|
                  +--80.0-|               +-------CLOB1
                  |       |
                  |       |               +-------LACAC
          +--78.5-|       +----------93.5-|
          |       |                       +-------ENTFA
  +-------|       |
  |       |       +-------------------------------GEOKA
  |       |
  |       +---------------------------------------BACAN
  |
  +-----------------------------------------------BACSU