На главную
Назад

Занятие 5


Описание функции P25971

Описание функции белка PYRF_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

  Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Описание белка
Где? Component    
Зачем, для чего? Process 4 процесс биосинтеза пиримидиновых нуклеотидов
Специфичность и Молекулярный механизм? Function 4 Оротидин-5'-фосфатдекарбоксилазная активность

3 Термина


Описание терминов GO

GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
GO:0006221
pyrimidine nucleotide biosynthetic process		 pyrimidine nucleotide anabolism
pyrimidine nucleotide biosynthesis
pyrimidine nucleotide formation
pyrimidine nucleotide synthesis		 is_a :
biological_process (GO:0008150)
cellular process (GO:0009987)
metabolic process (GO:0008152)
biosynthetic process (GO:0009058)
 is_a^
pyrimidine deoxyribonucleotide biosynthetic process (GO:0009221)
pyrimidine nucleoside diphosphate biosynthetic process (GO:0009139)
pyrimidine nucleoside monophosphate biosynthetic process (GO:0009130)
GO:0004590
orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity		 ODCase activity
OMP decarboxylase activity
OMPdcase activity
orotate decarboxylase activity
orotate monophosphate decarboxylase activity
orotic decarboxylase activity
orotidine 5'-phosphate decarboxylase activity
orotidine monophosphate decarboxylase activity
orotidine phosphate decarboxylase activity
orotidine-5'-monophosphate decarboxylase activity
orotidine-5'-phosphate carboxy-lyase (UMP-forming)
orotidine-5'-phosphate carboxy-lyase activity
orotidylic acid decarboxylase activity
orotidylic decarboxylase activity
orotodylate decarboxylase activity
UMP synthase activity
uridine 5'-monophosphate synthase activity 		is_a:
molecular_function (GO:0003674)
catalytic activity (GO:0003824)
lyase activity (GO:0016829)		 NO CHILDREN. poor term.
GO:0008152
metabolic process		 metabolic process resulting in cell growth
metabolism
metabolism resulting in cell growth		 is_a:
biological_process (GO:0008150)		 is_a:
biosynthetic process (GO:0009058)
catabolic process (GO:0009056)
cellular metabolic process (GO:0044237)

GO:0006221



GO:0004590 and GO:0008152
 ____

Описание протеома бактерии Clostridium botulinum A2 str. Kyoto

Число белков в Genome Statistics: 3878
Найдено с помощью SRS: 3860
Из них термины GO: 2421 (63%)
Встречаемость:
F - 58.1%, самые частые: ATP binding; DNA binding; metal ion binding
P - 25.6%, частые: transcription, DNA-dependent; regulation of transcription, DNA-dependent
C - 16.3%, частые: integral to membran; cytoplasm; membrane; plasma membrane; intracellular

Тип Component сосредоточен в большом числе (Мах. 281) в 5 терминах, но процентное его содержание самое низкое.
Почти в 2 раза больше функциональных белков, и то, что связывающие АТФ лидируют (Мах. 384), говорит о большой важности этой функции.

Выборка последовательностей белков с заданной функцией

Организм - бесчеллюстное примитивное черепное позвоночное минога, семейство Mиноговые/Lampreys/Petromyzontidae.
Taxid 7746

Связывание кислорода/oxygen binding (GO:0019825);molecular function.
1888 находок запросом "Petromyzontidae" в поле Taxonomy по базе GO
Всего 11 находки GO:0019825 в Petromyzontidae. FASTA-файл с последовательностями найденных белков.