Занятие 8
Метаболические пути
Название : Оксидаза L-Аминокислот
hsa00250 Alanine, aspartate and glutamate metabolism Метаболизм аланина, аспартата и глутамата
hsa00270 Cysteine and methionine metabolism Метаболизм цистеина и метионина
hsa00280 Valine, leucine and isoleucine degradation Расщепление валина, лейцина и изолейцина
hsa00350 Tyrosine metabolism Метаболизм тирозина
hsa00360 Phenylalanine metabolism Метаболизм фенилаланина
hsa00380 Tryptophan metabolism Метаболизм триптофана
hsa00400 Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis Биосинтез фенилаланина, тирозина и триптофана
hsa01100 Metabolic pathways Метаболические пути
КАРТА ПЕРВОГО ПУТИ
Соединения
Гидроксипируват - Hydroxypyruvate
Идентификатор: C00168
L-серин - L-serine
Идентификатор: C00065
Соединяющий метаболический путь
Нашлось два подходящих пути.
В кратчайшем пути есть два варианта превращения: без промежуточных соединений и с ними.
В случае отсутствия промежуточных соединений путь не имеет направления, в случае наличия -- имеет.
Карта: Метаболизм серина, глицина и треонина.
Путь в 1 реакцию: гидроксипируват <==> L-серин
Путь с промежуточными метаболитами: гидроксипируват ==> L-серин
КАРТА
Сравнение метаболических путей
Возможность выбранной цепочки ферментативных реакций в разных организмах
| Организм |
Цепочка реакций возможна
|
Обоснование |
| Bacillus subtilis |
Нет |
найдены гены не всех необходимых ферментов |
| Archaeoglobus fulgidus |
Нет |
найдено еще меньше генов необходимых ферментов, чем у B. subtilis |
| Arabidopsis thaliana |
Да, карта |
для пути в 1 стадию имеется фермент; однако, для многостадийного пути гены нескольких ферментов неизвестны |
| Homo sapiens |
Да, карта |
для обоих путей присутствуют ферменты |
KEGG
KEGG как нельзя лучше выполняет поставленную разработчиками задачу -- является, по моему мнению, наилучшим сервисом,
наглядно предоставляющим молекулярнобиологические системы. Более того, информация преобразована в наиболее легкую для восприятия форму.
В этой базе проще всего найти достоверную информацию о каскадах реакций, превращениях молекул и связях разных веществ.
В связи с этим, мне кажется, полезнее было бы упоминуть о ней на 1 курсе.
KEGG можно использовать для поиска процессов, в которых участвует изучаемое исследователем вещество. Или же проверить в каких организмах
можно обнаружить тот или иной процесс и выбрать организм с которым было бы проще работать.
Еще одним важным достоинством является интерфейс. Он одновременно и простой, значит понятный, и всеобъемлющий.
Для новичков есть обзор возможностей и описание баз, а по ходу работы можно найти комментарии к тому или иному действию и help.
С картами удобно работать, а помимо карт присутствуют детальные схемы разных процессов, например фототрансдукции (и у человека, и у мухи) или фотосинтеза.
По моему, задание о KEGG -- одно из самых увлекательных среди других за два года.
