Занятие 10

Описание домена

AC : PF01179
ID : Cu_amine_oxid (синий на нижележащих картинках)
Каталитический домен медь-содержащей аминооксидазы (EC 1.4.3.21); она участвует во многих процессах, таких как рост и дифференцировка и др.
RCH2NH2 + H2O + O2 <==> RCHO + NH3 + H2O2
Архитектур: 28
наиболее консервативны остатки 116 пролина (99%), 118 лизина (97%) и 160 аргинина (94%).

Распространение: 143 Bacteria; 7 Archaea; 141 Eucariota.
семейство Pfam

Две архитектуры

1) E9D5S1_COCPS (красный на изображении)- 61 последовательность
ID : Cu_amine_oxidN3
AC : PF02728
N3 домен медь-содержащей аминооксидазы; функция неясна.
14 архитектур
Распространение: 117 Eucariota; 132 Bacteria; 7 Archeae

2) D1ZPT3_SORMK (зеленый на изображении) - 40 последовательностей
ID : Cu_amine_oxidN2
AC : PF02727
N2 домен медь-содержащей аминооксидазы; функция неясна
20 архитектур
Распространение: 123 Bacteria; 115 Eucariota; 7 Archae

Выравнивание

Сравниваемы таксоны

Скрипт все обнаружил, а ВПР сопоставил
представлены царства архей, бактрий и члены группы эукариот
Таксонов более низкого ранга (отделы или типы) больше и для каждого царства я выбрал минимум два представителя

Архитектуры

Скрипт сработал, полученное выравнивание я слегка подправил.
Итоговое выравнивание
Excel таблица