Подготовка к моделированию

Сначала сделал выравнивание в clustalw, затем подкоректировал файл в формате pir

Затем модифицировал 1lmp структуру для подачи ее на вход MODELLER`у Итоговый файл

Затем подредактировал скрипт

Пары, для которых важно взаиморасположение, выбрал на основе анализа 1lmp и из общих соображений о водороных связях (выделены на рисунке)

                АК в     1lmp         в seq;   Атом в NAG
                         OD2:103D --    145D   O6A
                         N:63W    --    96K    O7A       
                         N:109V   --    152I   O6C
                         N:59N    --    92N    O7B
                         O:107A   --    150C   N2B

Скрипт сгенерировал помимо всего прочего 5 pdb файлов:

SEQ1
SEQ2
SEQ3
SEQ4
SEQ5

Изображение всех моделей в наложении

На изображениях невыравненные участки не показаны

Все модели в довольно хорошо налагаются на опорную структуру в месте. При визуализации С-альфа атомов (cartoon)
не совпадают только невыравненные участки (т.к. алгоритм ставить С-альфы в соответствии с выравниванием).
Визуализация поверхности позволяет предположить, что лучшими будут 1 и 4 модели.

Что говорит WHAT IF..

      №           Ramachandran    bond angle:     RMS    RMSD   bond length:   RMS    RMSD
      5                 -1.404                  1.514   2.974                1.083   0.022
      4                 -0.948                  1.512   2.941                1.048   0.021      <--
      3                 -1.173                  1.498   2.930                1.065   0.021      
      2                 -1.422                  1.529   3.002                1.085   0.022
      1                 -0.932                  1.513   2.966                1.050   0.021      <--
     *1LMP              -0.325                  1.759   3.216                0.789   0.017

Судя по всему, 1 и 4 действительно наилучшим образом похожи на исходную структуру 1lmp