Получил et.pdb и запустил RED. В итоге получил файл Mol_m1-o1.mol2.
Видим, что суммарный заряд не 0 и заряды на углеродах различаются:
Константа жесткости C-C kb = 543799.1, остальные - как в примере. Итог: et.top
С помощью скрипта создал 7 файлов топологии с различным значением параметра epsilon для водорода.
Для каждой провел динамику систем с жидким и газообразным этаном и расчет энергий утилитой g_energy.
LJ, gas Coulomb, gas LJ, liquid Coulomb, liquid Vaporization Enthalpy -0.000226761 3.91967e-05 -253.021 0.00204122 253 -0.00015808 3.9198e-05 -12.281 1.45647e-05 12.3 -0.000141396 3.91977e-05 -7.96701 0.000122949 ~8 -0.000134464 3.91977e-05 -2.29247 0.00010772 2.3 -0.000130825 3.91976e-05 -1.76525 5.05586e-05 1.8 -0.00012863 3.91976e-05 -2.56483 2.42476e-05 2.5 -0.000127198 3.91976e-05 -3.80269 8.31299e-05 3.8
VdW взаимодействия вносят больший вклад в энергию, однако, в газовой фазе разница с кулоновским взаимодействием не так велика, как в жидкой фазе.
Cудя по всему, экспериментальное значение 5.4 kJ/mol при Т=25 С лучше воспроизедется если взять epsilon между 0.01562 и 0.03703 (между 3 и 4 строками).