На главную
Назад

Точечные заряды

Получил et.pdb и запустил RED. В итоге получил файл Mol_m1-o1.mol2.

Видим, что суммарный заряд не 0 и заряды на углеродах различаются:

Топология

Константа жесткости C-C kb = 543799.1, остальные - как в примере. Итог: et.top

Испарение

С помощью скрипта создал 7 файлов топологии с различным значением параметра epsilon для водорода.
Для каждой провел динамику систем с жидким и газообразным этаном и расчет энергий утилитой g_energy.

 
                         LJ, gas          Coulomb, gas    LJ, liquid    Coulomb, liquid   Vaporization Enthalpy
                        -0.000226761    3.91967e-05     -253.021      0.00204122                253
                        -0.00015808     3.9198e-05      -12.281       1.45647e-05               12.3
                        -0.000141396    3.91977e-05     -7.96701      0.000122949               ~8
                        -0.000134464    3.91977e-05     -2.29247      0.00010772                2.3
                        -0.000130825    3.91976e-05     -1.76525      5.05586e-05               1.8
                        -0.00012863     3.91976e-05     -2.56483      2.42476e-05               2.5
                        -0.000127198    3.91976e-05     -3.80269      8.31299e-05               3.8
                                                                                                                                   
                       

VdW взаимодействия вносят больший вклад в энергию, однако, в газовой фазе разница с кулоновским взаимодействием не так велика, как в жидкой фазе.
Cудя по всему, экспериментальное значение 5.4 kJ/mol при Т=25 С лучше воспроизедется если взять epsilon между 0.01562 и 0.03703 (между 3 и 4 строками).

---