Визуальный анализ

Получил et_vr.pdb, et_be.pdb, et_an.pdb, et_nh.pdb и et_sd.pdb. Практически неподвижным этан был при использовании метода Андерсена.
В случае с Берендсеном этан крутился вокруг своей оси, а так же осуществлялось вращение вокруг С-С связи (после некоторого периода с малой подвижностью).
В случае с методом Нуза-Хувера движение осуществлялось только вокруг связи С-С. В стохастическом подходе движение было сразу и интенсивнее, чем в методе Брендсена.
Метод "Velocity rescale" тоже похож на метод Брендсена, но период покоя больше и движение после покоя интенсивнее.

Потенциальные и кинетические энергии

Метод Velocity-rescale

Потенциальная и кинетическая энергии практически неотличимы и изменяются в широких пределах.

Метод Берендсена

Потенциальная и кинетическая энергии выходят на плато и принимают одно значение.

Метод Андерсена

Потенциальная и кинетическая энергии практически неотличимы и изменяются в узком пределе от о до 2.5.

Метод Нуза-Хувера

Потенциальная и кинетическая энергии отличаются незначительно и близки к 0, однако имеется много сильных выбросов.

Метод статистической термодинамики

Потенциальная и кинетическая энергии сходны и изменяются в широких пределах (очень похоже на V-r).

Распределение длины связи С-С

Метод Velocity-rescale

Метод Берендсена

Метод Андерсена

Метод Нуза-Хувера

Метод статистической термодинамики

На мой взгляд, наиболее подходящими являются метод V-rescale и метод статистической термодинамики. Друге термостаты в больших системах дают менее неправильные, а значит более верные результаты.

Скорости работы разных методов. Как видно, скорости отличаются максимум на десятые.