На главную
Назад

Подготовка к моделированию

Выполнил все предварительно-подготовительные действия в соответствии с предложенным описанием.

DPPC и b_64. В первом случае - просто молекула липида, во втором - кубическая ячейка из 64 молекул.
После добавления воды и утряски: b_s и b_pr. В первом случае - та же ячейка, но с водой, во втором - молекулы липида перестают быть строго упорядочеными.

Моделирование

Визульная оценка. Использовался флаг -pbc mol; сборка произошла на 2.250 ns (10 frame), причем сначала структура напоминала вытянутый стержень,
но со временем длина уменьшилась, липиды распластались и в итоге уже на 100м кадре структура напоминала узкий бислой

Размеры ячейки, с помощью которых можно определить занимаемую 1 липидом площадь: около 0.34 нм

Зависимость размера гидрофобной и гидрофильной поверхности от времени:

Выигрышь в энергии, достигаемый за счет уменьшения гидрофобной поверхности, приводит к сборке липидов в бислой.

Меры порядка

Значения S для начала и конца симуляции (для цепи sn1):


Значительные, иногда почти в 10 раз, изменения сопровождаются переходом dppc в упорядоченное состояние с вытянутыми хвостами в составе липидного бислоя из свернутого исходного состояния.
Таким образом, для анализа и оценки фазового состояния уместно использовать меру порядка системы.

Отчет о работе

        
          Силовое поле                           lipid.itp
          Заряд системы                          0 (молекула dppc нейтральна и в соответствии с этим подобраны заряды в dppc.itp)
          Размер и форма ячейки                  6.26x4.443x5.778, паралеллепипед (размер взят из b_ec.gro)         
       Минимизация энергии:
          Алогритм минимизации энергии           l-BFGS
          Алгоритм расчёта электростатики и        
          Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий      Cut-off
          Модель растворителя                    spc       
       Утряска растворителя:
          Число шагов                            10000
          Длина шага (ps)                        0.001
          Алгоритм расчёта электростатики и 
          Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий      Cut-off
          Алгоритмы термостата и баростата       V-rescale и No (anisotropic)
       Основной расчёт МД:
          Время моделирования                    7h18:50
          количество процессоров                 16
          эффективность маштабирования           PP/PME imbalance: 14% 
          scalefactor                            1
          Длина траектории                       50 ns
          Число шагов                            10000000
          Длина шага                             0.005 ps
          Алгоритм интегратора                   md
          Алгоритм расчёта электростатики и      PME
          Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий      Cut-off
          Алгоритмы термостата и баростата       V-rescale и Berendsen

---