Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей

Матрицы переходов

Глобальное выравнивание

Матрицы переходов строились для следующих последовательностей:
MPNF(первые 4 аминокислотных остатка белка ACRB_ECOLI) и MTYKF(первая последовательность с 1 вставкой и 2 заменами)
параметры, использовавшиеся при построении матрицы
- за совпадение +2
- за несовпадение -1
- за делецию (гэп) -2
матрица переходов (розовым цветом показан оптимальный путь):
выравнивание, соответствующее оптимальному пути:
вес оптимального пути: 0

Локальное выравнивание

Матрицы переходов строились для следующих последовательностей: MPNFFIDRP(первые 9 аминокислотных остатков белка ACRB_ECOLI) и PNDRP(2, 3, 7, 8, 9 аминокислоты белка ACRB_ECOLI)
параметры, использовавшиеся при построении матрицы
- за совпадение +2
- за несовпадение -1
- за делецию (гэп) -2
матрица переходов (оранжевым цветом показан оптимальный путь,жёлтым - субоптимальный):
выравнивание, соответствующее
оптимальному:
и субоптимальному путям:
вес оптимального пути: 6; субоптимального:4

Влияние параметров на глобальное выравнивание

Данные выравнивания сделаны программой needle из пакета программ EMBOSS, при этом использовалась матрица BLOSUM62
Ниже приведены выравнивания аминокислотной последовательности белка ACRB_ECOLI и последовательности, составленной из двух кусков первой (белка ACRB_ECOLI) по 11 аминокислот в каждом.
В целях экономии места и времени здесь приведена лишь область выравнивания, а не вся последовательность ACRB_ECOLI, в которой 1049 аминокислотных остатков...

Выравнивание 1 (штраф за открытие делеции 1, за продолжение тоже 1):

ACRB_ECOLI         1 MPNFFIDRPIFAWVIAIIIMLAGGLAI-L-KLPVAQYPTIAPPAVTISAS     48
                                  ||||||||||| .| . |   ||  .:.         
                   1              VIAIIIMLAGG-DIDQEK---AQ--ALG              22

Вес выравнивания 57.0

Выравнивание 2 (штраф за открытие делеции 10, за продолжение 1):

ACRB_ECOLI       701 QLLAEAAKHPDMLTSVRPNGLEDTPQFKI-------DIDQEKAQALGVSI    743
                                              ...|       |||||||||||   
                   1                          VIAIIIMLAGGDIDQEKAQALG        22

Вес выравнивания 39.0

Различие данных выравниваний заключается в количестве и расположении гэпов.Это объясняется высоким штрафом за открытие делеции во втором случае и стремлением программы needle создать выравнивание с наибольшим весом...