Консервативные аминокислотные остатки в выборке 5 потенциальных ортологов белка ACRB_ECOLI

Было предложено создать выборку из последовательностей ортологов белка ACRB_ECOLI.Для этого использовалась программа blastp, поиск проводился по банку данных SWISS-Prot.

Множественное выравнивание построено с помощью программы emma пакета программ EMBOSS (приведены участки белка, контактирующие с лигандом):

*

1

0

0

*

1

2

0

*

1

4

0

*

1

6

0

A

C

R

B

_

E

C

O

L

I

:

N

S

D

S

T

G

T

V

Q

I

T

L

T

F

E

S

G

T

D

A

D

I

A

Q

V

Q

V

Q

N

K

L

Q

L

A

M

P

L

L

P

Q

E

V

Q

Q

Q

G

V

S

V

E

K

S

S

S

S

F

L

M

V

V

G

V

I

N

T

D

G

T

M

T

Q

E

D

I

S

D

Y

V

A

A

:

1

6

0

A

C

R

F

_

E

C

O

L

I

:

T

S

D

S

A

G

S

V

T

I

T

L

T

F

Q

S

G

T

D

P

D

I

A

Q

V

Q

V

Q

N

K

L

Q

L

A

T

P

L

L

P

Q

E

V

Q

Q

Q

G

I

S

V

E

K

S

S

S

S

Y

L

M

V

A

G

F

V

S

D

N

P

G

T

T

Q

D

D

I

S

D

Y

V

A

S

:

1

6

0

M

D

T

F

_

E

C

O

5

7

:

T

S

D

A

A

G

N

A

S

I

T

L

T

F

E

T

G

T

S

P

D

I

A

Q

V

Q

V

Q

N

K

L

Q

L

A

M

P

S

L

P

E

A

V

Q

Q

Q

G

I

S

V

D

K

S

S

S

N

I

L

M

V

A

A

F

I

S

D

N

G

S

L

N

Q

Y

D

I

A

D

Y

V

A

S

:

1

6

0

M

E

X

B

_

P

S

E

A

E

:

E

S

N

S

D

G

S

M

T

I

T

V

T

F

E

Q

G

T

D

P

D

I

A

Q

V

Q

V

Q

N

K

L

Q

L

A

T

P

L

L

P

Q

E

V

Q

R

Q

G

I

R

V

T

K

A

V

K

N

F

L

M

V

V

G

V

V

S

T

D

G

S

M

T

K

E

D

L

S

N

Y

I

V

S

:

1

6

0

A

C

R

D

_

E

C

O

L

I

:

Q

S

S

G

T

G

Q

A

S

V

T

L

S

F

K

A

G

T

D

P

D

E

A

V

Q

Q

V

Q

N

Q

L

Q

S

A

M

R

K

L

P

Q

A

V

Q

N

Q

G

V

T

V

R

K

T

G

D

T

N

I

L

T

I

A

F

V

S

T

D

G

S

M

D

K

Q

D

I

A

D

Y

V

A

S

:

1

6

0

S

G

i

T

l

t

F

G

T

d

p

D

i

A

q

v

Q

V

Q

N

k

L

Q

l

A

p

L

P

q

V

Q

Q

G

V

K

l

m

v

s

g

D

i

d

Y

v

a

s

*

3

4

0

*

3

6

0

*

3

8

0

*

4

0

0

A

C

R

B

_

E

C

O

L

I

:

L

K

I

V

Y

P

Y

D

T

T

P

F

V

K

I

S

I

H

E

V

V

K

T

L

V

E

A

I

I

L

V

F

L

V

M

Y

L

F

L

Q

N

F

R

A

T

L

I

P

T

I

A

V

P

V

V

L

L

G

T

F

A

V

L

A

A

F

G

F

S

I

N

T

L

T

M

F

G

M

V

L

:

4

0

0

A

C

R

F

_

E

C

O

L

I

:

M

K

V

L

Y

P

Y

D

T

T

P

F

V

Q

L

S

I

H

E

V

V

K

T

L

F

E

A

I

M

L

V

F

L

V

M

Y

L

F

L

Q

N

M

R

A

T

L

I

P

T

I

A

V

P

V

V

L

L

G

T

F

A

I

L

A

A

F

G

Y

S

I

N

T

L

T

M

F

G

M

V

L

:

4

0

0

M

D

T

F

_

E

C

O

5

7

:

L

K

T

V

Y

P

Y

D

T

T

P

F

I

E

I

S

I

Q

E

V

F

K

T

L

V

E

A

I

I

L

V

F

L

V

M

Y

L

F

L

Q

N

F

R

A

T

I

I

P

T

I

A

V

P

V

V

I

L

G

T

F

A

I

L

S

A

V

G

F

T

I

N

T

L

T

M

F

G

M

V

L

:

4

0

0

M

E

X

B

_

P

S

E

A

E

:

M

K

V

V

Y

P

Y

D

T

T

P

V

V

S

A

S

I

H

E

V

V

K

T

L

G

E

A

I

L

L

V

F

L

V

M

Y

L

F

L

Q

N

F

R

A

T

L

I

P

T

I

A

V

P

V

V

L

L

G

T

F

G

V

L

A

A

F

G

F

S

I

N

T

L

T

M

F

G

M

V

L

:

4

0

0

A

C

R

D

_

E

C

O

L

I

:

L

E

Y

K

V

A

Y

E

T

T

S

F

V

K

A

S

I

E

D

V

V

K

T

L

L

E

A

I

A

L

V

F

L

V

M

Y

L

F

L

Q

N

F

R

A

T

L

I

P

T

I

A

V

P

V

V

L

M

G

T

F

S

V

L

Y

A

F

G

Y

S

V

N

T

L

T

M

F

A

M

V

L

:

4

0

0

k

y

p

Y

d

T

T

p

f

v

S

I

e

V

v

K

T

L

E

A

I

L

V

F

L

V

M

Y

L

F

L

Q

N

f

R

A

T

l

I

P

T

I

A

V

P

V

V

l

l

G

T

F

L

A

f

G

s

i

N

T

L

T

M

F

g

M

V

L

Полностью выравнивание вы можете найти здесь.

Красным цветом выделены аминокислотные остатки со 100% консервативностью, розовым - более 80% консервативности.