Назад

Бутстреп-анализ выравнивания мутантных последовательностей

Цель задания – получить консенсусное дерево с помощью методов
bootstrep и jackknife, сравнить их с реальным деревом
и между собой.

Деревья получаются путем последовательного применения трех программ из пакета PHYLIP:

  1. seqboot
  2. dnaml
  3. consense

    Ниже приведены деревья, полученные агоритмами bootstrep и jackknife:

    bootstrep

    jackknife

      +---------------------------leafB
  |                                
  |                    +------leafD
  |             +-99.0-|           
  |             |      +------leafC
  |      +100.0-|                  
  |      |      |      +------leafE
  +------|      +100.0-|           
         |             +------leafF
         |                         
         +--------------------leafA

      +---------------------------leafC
  |                                
  |      +--------------------leafD
  |      |                         
  +------|             +------leafF
         |      +100.0-|           
         |      |      +------leafE
         +-92.0-|                  
                |      +------leafA
                +100.0-|           
                       +------leafB
    (leafB:100.0,(((leafD:100.0,leafC:100.0):99.0,(leafE:100.0,leafF:100.0):100.0):100.0, leafA:100.0):100.0); (leafC:100.0,(leafD:100.0,((leafF:100.0,leafE:100.0):100.0,(leafA:100.0,leafB:100.0):100.0):92.0):100.0);

    Видно, что методы очень схожи – частоты встречаемоcти внутренних ветвей (бутстреп-значения) отличаются не более чем на 7%.
    Ниже приведено реальное дерево.

    Топология воссоздана правильно.

    © Яковлев Сергей,2005