Реконструкция филогенетического дерева с помощью 4-х разных методов

Цель задания – построить деревья на основе данных конечных
последовательностей (листьев), и сравнить результаты.
Использовались следующие программы:

по методу UGPMA с помощью программы eneighbor,
по методу ближайших соседей (Neighbor-Joining) с помощью той же программы eneighbor,
по методу наибольшего правдоподобия (Maximum Likelihood) с помощью программы ednaml,
по методу максимальной экономии (Parsimony) с помощью программы ednapars.

Ветвь	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
`ABCDEF`	Исходное дерево модели	UPGMA	NJ	ML	Parsimony
`110000`	+	+	+	+	+
`001100`	+	+	+	+	+
`000011`	+	+	+	+	+

Видно, что ни один из методов не ошибся, что говорит о их выскокой эффективности.
Ниже приведены деревья, предложенные каждой из указанных программ:

Neighbor-joining method

                   +----------------------leafC                   
  +----------------3                                              
  !                +------------------------leafD                 
  !                                                               
  !                                 +-----------------------leafE 
--4---------------------------------1                             
  !                                 +------------------------leafF
  !                                                               
  !                 +----------------------leafA                  
  +-----------------2                                             
                    +-------------------------leafB

((leafC:0.38619,leafD:0.40971):0.28441,(leafE:0.40284,leafF:0.41546):0.57111,(leafA:0.38110, leafB:0.43720):0.29984);

Maximum Likelihood method

  +----------leafB                               
  !                                              
  !                             +-----------leafF
  !        +--------------------4                
  !        !                    +--------leafE   
--1--------3                                     
  !        !       +---------leafD               
  !        +-------2                             
  !                +---------leafC               
  !                                              
  +---------leafA

(leafB:0.56111,((leafF:0.62140,leafE:0.46324):1.04861,(leafD:0.50745,leafC:0.50476):0.39292):0.46681,leafA:0.49134);

Parsimony method

              +--leafF
        +-----5       
        !     +--leafE
     +--4             
     !  !     +--leafD
  +--2  +-----3       
  !  !        +--leafC
--1  !                
  !  +-----------leafB
  !                   
  +--------------leafA

((((leafF,leafE),(leafD,leafC)),leafB),leafA);

UPGMA method

                            +-----------------------leafA
           +----------------2                            
           !                +-----------------------leafB
  +--------4                                             
  !        !                +-----------------------leafC
  !        +----------------1                            
--5                         +-----------------------leafD
  !                                                      
  !                         +-----------------------leafE
  +-------------------------3                            
                            +-----------------------leafF

(((leafA:0.40915,leafB:0.40915):0.28652,(leafC:0.39795,leafD:0.39795):0.29772):0.14229, (leafE:0.40915,leafF:0.40915):0.42882);

Из полученных результатов можно сделать следующие выводы:
- все 4 алгоритма верно построили эволюционные деревья
- алгоритм UPGMA построил укорененное дерево, а остальные алгоритмы — неукорененное
- методы UPGMA и Neighbor-Joining использовали матрицу расстояний, а остальные — выравнивания.