Моделирование эволюции гена

Графическое изображение дерева

Видно, что данное дерево НЕ является ультраметрическим, так как расстояние
от корня до листьев C и D не равно расстояниям от корня до остальных листьев.

Скобочная форма:
(((А:30,В:30):40,(С:20,D:20):40):30,(Е:45,F:45):55);
Длина гена: 3150 нуклеотидных остатков.

Топология дерева

Топология дерева может быть изображена в форме таблицы:

A	B	C	D	E	F
*	*	.	.	.	.
.	.	*	*	.	.
.	.	.	.	*	*

"Звездообразное" неукорененное дерево

Прямоугольная кладограмма

 		_________F
               |
   ____________|
  |   	       |
  |	       |_________E
  |
  |
__|
  |
  |		   ____D
  |		  |
  |	  ________|
  | 	 |	  |
  |	 |	  |____C
  |  	 |
  |______|
   	 |	   ______B
  	 |	  |
	 |________|
		  |
		  |______A

"Переукоренённое" дерево

Место "переукоренения" обозначено крестиком.

Соответствующая филограмма

			 ___45___F
			|
        _______85_______|
       |		|
       |		|___45___E
   _40_|
  |    |	 _20_D
  |    |	|
  |    |___40___|
  |		|
__|		|_20_C
  | 	
  |     __30__B
  |    |
  |_20_|
       |
       |__30__A

Это дерево так же не является ультраметрическим, так как расстояние от корня до листьев не одинаково.

Скобочная формула: ((A:30,B:30):20,((C:20,D:20):40,(E:45,F:45):85):20)
Описание дерева, как разбиения множества листьев, такое же как в первом случае, так как дерево все равно считается бескорневым.

Построение эволюционной модели

Цель - получить последовательности, стоящиев узлах и листьях дерева, приведенного выше;
при условии что в позиции (1) стоит ген белка ACRB_Ecoli.
Скрипт, позволяющий получить мутантные последовательности:

msbar 1_acrb_gene.fasta 5_1732_mut.fasta -point 4 -count 1732 -auto 
msbar 1_acrb_gene.fasta 2_945_mut.fasta -point 4 -count 945 -auto 
msbar 2_945_mut.fasta 3_1260_mut.fasta -point 4 -count 1260 -auto
msbar 2_945_mut.fasta 4_1260_mut.fasta -point 4 -count 1260 -auto
msbar 3_1260_mut.fasta A_945_mut.fasta -point 4 -count 945 -auto 
msbar 3_1260_mut.fasta B_945_mut.fasta -point 4 -count 945 -auto
msbar 4_1260_mut.fasta C_630_mut.fasta -point 4 -count 630 -auto
msbar 4_1260_mut.fasta D_630_mut.fasta -point 4 -count 630 -auto
msbar 5_1732_mut.fasta E_1417_mut.fasta -point 4 -count 1417 -auto
msbar 5_1732_mut.fasta F_1417_mut.fasta -point 4 -count 1417 -auto