На главную страницу четвёртого семестра

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

GO: описание терминов

  1. Термин — Transmembrane (трансмембранный)
  2. Идентификатор GO:0042626
  3. Количество синонимов — 8
  4. Определение термина : Катализ реакции гидролиза АТФ (АТФ + Н2O = АДФ + фосфат) для непосредственного управления транспортом веществ через мембрану.
  5. Количество родителей — 2 (обе связи типа is_a)
  6. Количество дочерних терминов — ни одного

Исследование качества аннотации мембранных белков Plasmodium falciparum
(поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

Что искали: Запрос Найденное количество белков
Белки из данного организма (Plasmodium falciparum) "(([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) " 10763
В т.ч. с идентификаторами всех 3-х онтологий GO "((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & ((([uniprot-DBxref:C:*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) " 829
В том числе локализованных в мембране "((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & ((([uniprot-DBxref:C:membrane*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) " 177
В том числе только лучшие (TAS и IDA )   0
В том числе только худшие (IEA) "(((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & ((([uniprot-DBxref:C:membrane*] & [uniprot-DBxref:F:*]) & [uniprot-DBxref:P:*]) > parent )) & (([uniprot-DBxref:IEA.*] ! ((((((([uniprot-DBxref:IMP.*] | [uniprot-DBxref:IGI.*]) | [uniprot-DBxref:IPI.*]) | [uniprot-DBxref:ISS.*]) | [uniprot-DBxref:IEP.*]) | [uniprot-DBxref:NAS.*]) | [uniprot-DBxref:TAS.*]) | [uniprot-DBxref:IDA.*])) > parent )) " 177

В ходе исследования качества аннотации функций мембранных белков Plasmodium falciparum использовалась общепринятая иерархия кодов доказательств. Запрос на лучшие аннотации не дал результатов... А у всех найденных, локализаванных в мембране белков оказалась худшая (IEA) аннотация, т.е. данные, взяты из малоизвестной базы данных без проверки куратором. Из чего можно сделать вывод, что данная группа белков изучена ещё не очень хорошо.
Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum)


Описание функций белка ACRB_ECOLI на основе данных базы EcoCyc.

Белок AcrB - это внутремембранный ассоциат протон-зависимых антипортеров. Его функции как части AcrAB/TolC комплекса-транспортёра многих лекарственных средств, заключаются в использовании энергии электрохимического градиента для очистки цитоплазмы от лекарств.

Ниже приведена схема работы протон-зависимого антитранспортёра AcrAB/TolC multidrug-efflux complex

Белки AcrAB и TolC образуют трёхдоменную множественную лекарственную систему очистки, которая обеспечивает клетке сопротивление разнообразным антибактериальным агентам.
Более подробную информацию о белке Acrb E.coli можно найти на базе данных EcoCyc

© Яковлев Сергей,2006