Sofiya, Main Page

Домены

Белок Alternaria alternata allergen 1

Name: Alternaria alternata allergen 1 ID: AltA1 AC: PF16541 Seed: 58 Full: 365

Domain architectures: 4 3D-structures: 4

Functions: Белок Аллерген Альтернария Альтерната 1. Этот белок гриба может вызывать аллергию у людей со слабым иммунитетом (в особенности у людей с астмой). Является антигеном к IgE антителам человека.

3D-structure: Белок состоит из одной цепи, в которой преобладают бэтта-листы.

Таксономическая распространённость домена: Домен распространен в первую очередь у грибов Аскомицетов, а точнее у Пезизомикотин. Также его можно встретить у некоторых билатерий, к премеру, у каких-то насекомых.

Выравнивание seed

Выравнивание

Достоверный блок: 24-31

Достоверный блок не на все последовательности: 4-31

100% консервативная коллонка: 43:С

Недостоверный блок: 98-108

Вывод: Хоть и есть несколько абсолютно консервативных блоков и приличное количество достоверных блоков, я бы сказала, что выравнивание не в полной мере отражает гомологию, так как в середине последовательностей есть много гэпов, да и недостоверных блоков много длинных, а достоверные скорее точечные.

Доменные архитектуры

Так как я слишком поздно обнаружила, что у выбранного мной домена недостаточно данных для этого задания, то решила поменять домен на другой. В этой части задания я буду анализировать Lipocalin-like (ID: Lipocalin_3 AC: PF12702 Seed: 33 Full: 148).

Выбрала две архитектуры (представлены на фото). С первым доменом найдено 22 белка, со вторым - 8.

Сделав выравнивание, я нашла множество длинных достоверных блоков. Так как мы сравниваем похожесть последовательностей внутри домена, то я рассматривала участок выравнивания с 45 по 148 позицию (что является интересующим меня доменом). Там много длинных консервативных блоков (ех 54-63, 68-74, 77-96, 105-129, 132-148) и всего два недостоверных блока (48-53, 100-104).

Локальное сходство

Я загнала в BLAST белок A0A3E4WJU4 из 1 архитектуры и белок A0A9D2GWY2 из 2 архитектуры. Диаграмма Dot Plot представлена на фото 2. По ней можно определить, что выравнивание содержит два инделя, а также что исследуемый мной домен стоит на одном и том же месте у двух последовательностей.