Sofiya, Main Page

Информация в базе данных UniProt о белке flavohemoprotein

UniProt: flavohemoprotein

Выбор белка

Моя бактерия - Cupriavidus cauae. К сожалению, она не слишком хорошо изучена, поэтому я выбрала белок по наилучшему аннотированию и красивому (и в то же время короткому) названию. Так как метаболизм, связанный с азотом и его соединениями важен, то я решила поискать какой-то белок, который будет связан с этим. Ввела такой запрос (organism_id:2608999) AND (keyword:KW-0560) и получила 301 результат. По итогу выбрала самый первый из предложенных вариантов - flavohemoprotein (gene: hmpA).

Функции этого белка - Флавогемопротеина: участие в нейтрализациий (обезвреживании) NO в анаэробной процессе - реакция диоксигиназы азота (NOD) с участие кислорода и NAD(P)H, для превращения NO в нитрат (защита от вредных соединений азота).

Поисковые запросы

1. Я решила посмотреть наличие белков со схожими функциями у бактерий рода Cupriavidus. Использовала команду (cc_function:"NO detoxification") AND (taxonomy_id:106589). По итогу нашлось 77 реузльтатов, в том числе с белком flavohemoprotein. Можно сделать вывод, что у бактерий из этого рода есть несколько белков со схожими функциями, а также что выбранный мной белок (flavohemoprotein) не является видоспецифичным.

2. Так как белок имеет уровень достоверности 3 (то есть определен по гомологии), то было бы логичным действием поискать, какому белку он сходен (что я и сделала). Использовала команду (protein_name:flavohemoprotein) AND (taxonomy_id:80840) AND (existence:1) (наличие искала в отряде Burkholderiales). Нашелся единсвтенный хорошо изученный белок из Cupriavidus necator, который должен быть референсным (тот, по которому сделали предположении о существовании flavohemoprotein).

3. Мне стало интересно, есть ли данный белок у других организмов (в эукариотах и вирусах). Использовала команды: (protein_name:flavohemoprotein) AND (taxonomy_id:2759) и (protein_name:flavohemoprotein) AND (taxonomy_id:10239). Результатов получено много у эукариот - 1 137, а у вирусов - 0. Это означает, что белок flavohemoprotein не специфичен для бактерий, но он не присутсвует в вирусах.