Сравнение протеомов
Для моей бактерии Cupriavidus cauae описан один протеом, который, к сожалению, не явялется референсным, но я все равно выбрала его, так как у него хорошее качество (всего 0.9% потерянных (missing) белков).
Для сравнения я взяла референсный протеом бактерии Burkholderia pseudomallei из того же отряда, но являющейся патогенной.
| Бактерия | Cupriavidus cauae | Burkholderia pseudomallei |
| Proteome ID | UP000324324 | UP000000605 |
| CPD | Close to standard (low value) | Close to standard (low value) |
| Number of entries | 4 900 | 5 717 |
| In Swiss-Prot | 0 | 497 |
| BUSCO |  |
 |
Команды для скачивания
Cupriavidus cauae: wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=UP000324324' -O UP000324324.swiss.gz
Burkholderia pseudomallei (strain K96243): wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=UP000000605' -O UP000000605.swiss.gz
Сравнения по группам белков
| Бактерия | Cupriavidus cauae | Burkholderia pseudomallei |
| Трансмембранные белки | 966 (19.7%) | 1139 (19.9%) |
| Ферменты | 38 (0.78%) | 26 (0.45%) |
| Фактор вирулентности | 4 (0.08%) | 18 (0.31%) |
Используеммые команды:
1.1) zgrep '^KW' UP000324324.swiss.gz | grep 'Transmembrane {' | wc -l | less
1.2) zgrep '^KW' UP000000605.swiss.gz | grep 'Transmembrane {' | wc -l | less
2.1) zgrep '^KW' UP000324324.swiss.gz | grep 'enzyme {' | wc -l | less
2.2) zgrep '^KW' UP000000605.swiss.gz | grep 'enzyme {' | wc -l | less
3.1) zgrep '^KW' UP000324324.swiss.gz | grep 'Virulence {' | wc -l | less
3.2) zgrep '^KW' UP000000605.swiss.gz | grep 'Virulence {' | wc -l | less
Анализ:
Так как вторая бактеррия (контроль) являестя патогенной, то логично, что в ее протеоме должно быть больше белков, отвечающих за вирулентность (по результатам поиска так и получилось). Кроме того, интересно то, что у моей бактерии тоже есть (небольшой, но все же) процент таких белков. Возможно она тоже может вызывать какие-то патогенные процессы ? (хоть она и выделена из крови человека с имуннодефицитом, я все же считала, что туда она попала случайно, так как родственные ей бактерии находятся на водоочистительных станциях и чаще всего взаимодейтсвуют как-то с металлами)
Еще немножечко манипуляций...
Я решила пройтись по ключевым словам и самым распространенным белкам (+ еще несколько специфичных, которые связаня с жизнедеятельностью этих бактерий).
| Бактерия | Cupriavidus cauae | Burkholderia pseudomallei |
| 3D-structure | 0 | 59 |
| Статьи в PubMed | 0 | 73 |
| Reference proteome | 0 | 5 717 |
| Metal | 445 | 507 |
Используеммые команды:
1. (keyword:KW-0002) AND (proteome:UP000324324) и (keyword:KW-0002) AND (proteome:UP000000605)
2. zgrep '^RX' UP000324324.swiss.gz | grep 'PubMed' | sort -u | wc -l | less и zgrep '^RX' UP000000605.swiss.gz | grep 'PubMed' | sort -u | wc -l | less
3. (keyword:KW-1185) AND (proteome:UP000324324) и (keyword:KW-1185) AND (proteome:UP000000605), а так же (keyword:KW-1185) AND (proteome:UP000053474)
4. (keyword:KW-0479) AND (proteome:UP000324324) и (proteome:UP000000605) AND (keyword:KW-0479)
Анализ:
Исходя из данных, представленных в первой и второй строчках таблицы, можно сделать вывод, что моя бактерия является очень плохо изученной и плохо аннотированной, так как данных о 3D структуре и статьей по ней - 0, в то время как для референсного геном бактерии-контроля - это число превишает 50 по двум параметрам, что логично.
Поиск по ключевым словам "Reference proteome" был проведен просто чтобы убедиться, что все белки второй бактерии являются референсными, в то время как у первой (у моей) их совсем нет (то есть она не является референсной). Для личного инетреса я еще посмотрела протеом бактерии Cupriavidus sp. HPC(L), частью которого явялется протеом моей бактерии. Она как раз таки является рефенесной (что и подтверждает мой запрос: всего белков - 4779, референсных - столько же).
Так как Cupriavidus cauae и ее родственники тесно связаны с металлами в своей жизни (предполагаемо), я решила еще проверить наличие ключевых слов "Metal-binding" (это не в рамках исследования аннотированности). Оказалось, что моя бакьерия имеет меньше белков, связывающих металлы, чем другая бактерия из того же отряда, что может навести на мысль либо более сильной связи второй бактерии с таким типом жизнедеятельности, либо то, что моя бактерия может жить за счет других штук в большей степени.