3DNA
3 структуры ДНК
С помощью инструментов пакета 3DNA были получены следующие файлы:
Анализ структуры ДНК
Рис1. В форма ДНК
Я выбрала азотистое основание Аденин для изучения расположения атомов.
Рис2. Графическое представление ориентации атомов аденина.
Красным отмечены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки: C5, C6, N7
Синим отмечены атомы, смотрящие в сторону малой бороздки: C2, N3, C4, N9
Черным отмечены атомы смотрящие в бездну (не смотрят доставерно ни в сторону большой бороздки, ни в сторону малой): N1, C8
| А-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43,50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 17,0 (B/DC`40/P - A/DC`4/P) | 17,9 (A/DA`2/P - B/DT`35/P) | 18,3 (A/DC`2/P - B/DC`16/P) |
| Ширина малой бороздки | 9,6 (A/DG`5/P - B/DG`29/P) | 13,2 (B/DG`33/P - A/DG`13/P) | 8,7 (B/DG`19/P - A/DG`7/P) |
Определение параметров тРНК
Файл 2cv0_old.out содержит даные о водородных связях, поддерживающих пространственную структуру тРНК. В молекуле 2cv0 было обнаружено 4 стебля с координатами:
501-507. 566-572
549-553, 561-565
538-544, 526-532
510-513, 522-525
В структуре также присутствовали неканонические пары нуклеотидов, их 17 пар:
2 G-*---U [2] O6 - N3 2.85 N1 - O2 2.91
13 U-**--A [2] O2 - N6 3.17 N3 - N7 3.19
14 U-**+-G [1] O2 - N2 2.70
15 A-**--C [1] N6 - O2 3.15
21 A-**--G [2] N6 - O6 3.10 N1 - N1 2.8815 A-**--C [1] N6 - O2 3.15
25 U-*---G [2] O2 - N1 2.65 N3 - O6 2.96
26 U-**--A [3] O3'- O2' 2.87 O2'- N3 3.22 O2 * N1 3.55
27 A-**--A [2] N6 - N3 3.03 N1 - O2' 2.74
28 G-**+-C [2] N1 - O2 3.24 N2 - N3 2.95
31 G-*---U [2] O6 - N3 2.91 N1 - O2 2.94
42 U-**--A [2] O2 - N6 3.15 N3 - N7 3.19
43 U-**+-G [1] O2 - N2 2.90
44 A-**--C [1] N6 - O2 3.00
50 A-**--G [2] N6 - O6 3.06 N1 - N1 2.85
54 U-*---G [2] O2 - N1 2.60 N3 - O6 2.91
55 A-**--U [3] OP2* O4 3.36 N7 - N3 2.83 N6 - O2 2.77
56 G-**+-C [2] N1 - O2 3.19 N2 - N3 3.01
Нижеприведенные дополнительные водородные связи в тРНК стабилизируют ее третичную структуру, но не входят в состав стеблей:
13 (0.007) ....>C:.554_:[..U]U-**--A[..A]:.558_:C<.... (0.003) |
14 (0.009) ....>C:.555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518_:C<.... (0.014) x
26 (0.005) ....>C:.508_:[..U]U-**--A[..A]:.546_:C<.... (0.007) |
27 (0.009) ....>C:.514_:[..A]A-**--A[..A]:.521_:C<.... (0.013) |
28 (0.024) ....>C:.515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548_:C<.... (0.013) x
29 (0.012) ....>C:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:C<.... (0.003) +
Стекинг-взаимодействия
В файле с характеристикой структуры тРНК была найдена информация о величине площади "перекрывании" 2-х последовательных пар азотистых оснований. Наибольшая сумма:
2 GC/GU 7.14( 4.30) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.63( 4.10) 13.76( 8.40)
(значение суммы в последнем столбце; для данной пары составляет 13.76)
Для этой пары получено стандартное изображение стекинг-взаимодействия
Рис3. Стекинг-взаимодействие пары GC/GU