Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса
С помощью команды "einverted -sequence rna.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout" был найден участок тРНК с 3 по 8 нуклеотид, являющийся акцепторным.
Предсказание вторичной структуры тРНК алгоритмом Зукера
Рис1. Структура тРНК 2cv0.
| Позиции в структуре (find_pair) | Результаты предсказания (einverted) | Результаты предсказания (Зукер) | |
| Акцепторный стебель | 1 – 7 (66 – 72) | 3 – 8 | 1 – 7 (65 – 71) |
| D-стебель | 10 – 14 (21 – 25) | — | 9 – 13 (22 – 26) |
| T-стебель | 49 – 53 (61 – 65) | — | 48 – 52 (60 – 64) |
| Антикодоновый стебель | 26 – 32 (38 – 44) | — | 27 – 31 (39 – 43) |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 25 | 25 | 22 |
Поиск ДНК-белковых контактов в структуре 1dfm
Скрипт 1 для определеня множества атомов кислорода 2'-дезоксирибозы, ислорода в остатке фосфорной кислоты, азота в азотистых основаниях.
Скрипт 2 для последовательного изображения структуры ДНК и шариками различных множеств.
Скрипт 3 для описания контактов.
(при создании скрипта 3 учитывался факт постоянного обращения атомов азотистых оснований в малую или большую бороздки: большая бороздка - пурины (1, 5, 6, 7, 8), пиримидины (4, 5, 6, 7); малая бороздка - пурины (2, 3, 4, 9), пиримидины (1, 2, 3))
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 19 | 65 | 84 |
| остатками фосфорной кислоты | 52 | 30 | 82 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 13 | 38 | 51 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 2 | 2 | 4 |
Можно заметить, что конатктов между остатками 2'-дезоксирибозы и остатками фосфорной кислоты с белком почти одинакого, в то время как контактов с остатками азотистых оснований малой бороздки пренебрежительно мало, в том числе по сравнению с приличным количеством с большой бороздкой.
Рис2. Nucplot 1dfm_old.
Исходя из данных визуализации взаимодействий ДНК с белком полученных программой nucplot можно выделить аминокислоту Аспарагин 140, которая присутствует как в цепи белка A, так и в B, и образует наибольшее число контактов. Можно сделать предположение, что она является наиважнейшим компонентом для формирования комплекса.
Рис3. Взаимодействие аспарагина 140 цепи А (red) и аспарагина 140 цепи В (yellow) с ДНК.