Анализ набора генов
Мне достался список из 10 генов. Посмотрев каждый ID по отдельности (их не много, могу себе позволить), появилась мысль, что все они как-то связаны с метаболизмом-синтезом гормонов.
Несколько разных цитохромов: CYP17A1, CYP11B2, CYP21A2, CYP11B1.
Несколько гидроксистероиддегидрогеназ: HSD11B2, HSD3B1, HSD3B2, HSD11B1.
Предшественник гормона АКТГ: POMC.
Белок - переносчик в крови кортикостероидов: SERPINA6.
Хм, интересно. Гормоны - это прикольно.
Для анализа я выбрала программы: GO (точнее казать, Panther, сайт GO не дал мне выбора в этом плане, хех) и Reactome. Почему? GO - просто звучит красиво (к тому же, есть игра китайская с таким названием), Reactome - потому что выглядит интересно и даёт хорошую структурированную информацию.
GO
Для начала, я изучила биологические процессы, в которых участвуют белки, кодируемые данными генами. Провела анализ обогащения терминами с помощью базы Gene Ontology. Загрузила список IDшников в специальное поле для этого на странице GO, выбрала тип теста - Фишер (Fisher's Exact), и поправку - Бонферрони на множественную проверку гипотез (Bonferroni correction for multiple testing).
Рис1. Выдача GO
Результат таков: белки от этих генов связаны с гормонами (как я и писала ренее), а точнее с биосинтезом: андрогена, альдостерола, кортизола. Так же есть участие в процессе регуляции объема крови почечным альдостероном.
Больше всего генов (9 из 10) принимают участие в метаболизме липидов и стероидов.
Reactome
Загрузила свой список в Reactome, чтобы посмотреть более подробно на участие генов в различных процессах. Что могу сказать: выдача очень красивая и хорошо понимаемая, + есть удобная табличка с выдачей (представлена на рис2), НО ужасно трудно было вставлять миллион обрезанных кое-как фоторгафий, лишь бы хоть что-то было видно на этой красивой картинке.
Рис2. Табличная выдача базы данных Reactome
Рис3. Выдача базы данных Reacfoam
Ну что ж...Поехали рассматривать каждый блок отдельно
Рис4. Drug ADME - Prednison ADME. Гены участвуют в поглощении, распределении, метаболизме и выведении преднизона
Рис5. Metabolism - Biological oxidations - Phase I Functionalisation of compounds - Cytochrome P450 - Endogenous sterols. Гены участвуют в биологичкском окислении эндогенных стеролов (субстрат - Цитохром Р450)
Рис6. Metabolism - Metabolism os lipids - Metabolism of steroids - Metabolism of steroid hormones - Glucocorticoid biosynthesis + Mineralocorticoid biosynthesis + Androgen biosynthesis. Гены участвуют в биосинтезе глюкокортикоидов, минералкортикоидов и андрогена
Рис7. Desease - Deseses of metabolism - Defective ACTH causes obesity and POMCD + Metabolic disorders of biological oxidation enzymes - Defective CYP17A1 causes AH5 + Defective CYP11B1 causes AH4 + Defective CYP21A2 causes AH3 + Defective CYP11B2 causes CMO-1 deficiency. Кратко: есть различные заболевания, вызываемые 1) дефицитом адренокортикотропного гормона, 2) дефицитом цитохромов
Рис8. Peptide hormone biosynthesis. Биосинтез пептидных гормонов
Рис9. Signaling by Interleukins - Interleukin 4 and Interleukin 13 signaling. Сигналинг интерлейкинами (это низкомолекулярные белки - цитокины, которые связываются с рецепторами на поверхности клеток и влияют на какие-то процессы) в имунной системе
Рис10. FOXO-mediated transcription - FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes. Процессы, в которых участвуют транскрипционные факторы FOXO (связаны обычно с клеточным стрессом)
Ура ура, посмотрели все ячейки на большой выдаче Reacfoam. Что можно сказать: в прочем, ничего особо нового, биосинтез гормонов, метаболизм липидов и стероидов, какие-то приколюхи по поводу вызываемых заболеваний при нехватке белкового продукта различных генов. The End.
Краткое резюме про набор генов: метаболиз липидов и стероидов, биосинтез гормонов. Кратко, емко, лакончино - ничего более сказать особо нельзя. (Ладно, можно, если залезать куда-то глубже и смотреть каждый отдельный ген в каком-то геномном браузере или хотя бы, например, в Human Protein Atlas)
Краткое резюме про базы данных: GO - лаконично, структурированно, разложенны все находки по полочкам, но как будто бы не так много информации . Reactome - много информации, есть нетривиальные найденные схемы участия (мне понравилась ячейка "заболевания", просто сам факт ее присутствия), красивая выдача (табличка + соты), возможно буду пользоваться ей в будущем.
Напоследок смешная картиночка:
Рис11. Сейчас бы тарелочку новорожденных котлеток, а не вот это вот все...