Филогенетическое дерево
Отобранные животные, их таксономия и мнемоники
Я отобрала 11 животных из таксона Sciuromorpha - белкообразные.
| Вид | Таксономия | Мнемоника |
| Guerlinguetus aestuans | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Sciurinae; Sciurini; Guerlinguetus | SCIAE |
| Cynomys gunnisoni | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Xerinae; Marmotini; Cynomys | CYNGU |
| Glis glis | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Gliridae; Glirinae; Glis | GLIGL |
| Cynomys leucurus | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Xerinae; Marmotini; Cynomys | CYNLE |
| Sciurus niger | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Sciurinae; Sciurini; Sciurus | SCINI |
| Spermophilus musicus | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Xerinae; Marmotini; Spermophilus | SPEMU |
| Spermophilus pygmaeus | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Xerinae; Marmotini; Spermophilus | SPEPY |
| Muscardinus avellanarius | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Gliridae; Muscardinus | MUSAV |
| Hylopetes alboniger | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Sciurinae; Pteromyini; Hylopetes | HYLAB |
| Petaurista xanthotis | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Sciurinae; Pteromyini; Petaurista | PETXN |
| Xerus rutilus | Eumetazoa; Bilateria; Deuterostomia; Chordata; Craniata; Vertebrata; Gnathostomata; Teleostomi; Euteleostomi; Sarcopterygii; Dipnotetrapodomorpha; Tetrapoda; Amniota; Mammalia; Theria; Eutheria; Boreoeutheria; Euarchontoglires; Glires; Rodentia; Sciuromorpha; Sciuridae; Xerinae; Xerini; Xerus | XERRU |
Скобочная форма дерева
((MUSAV,GLIGL),(((PETXN,HYLAB),(SCIAE,SCINI)),(XERRU,((CYNGU,CYNLE),(SPEPY,SPEMU)))));
Изображение дерева
Рис1. Дерево для таксона Sciuromorpha
Сравнение деревьев
Рис2. Реконструкция филогенетического дерева по модели p-distance (программой fastme)
Исходя из изначально построенного по таксономии дерева: PETXN и HYLAB должны быть вместе в одной кладе, против SCINI и SCIAE в другой. Помимо этого, вид XERRU должен объединяться в одну кладу с SPEMU, SPEPY, CYNLE, CYNGU, а получается, что он объединяется с большим числом клад.
Рис3. Реконструкция филогенетического дерева по модели MtREV (программой fastme)
Дерево идентично построенному по модели p-distance.
Рис4. Реконструкция филогенетического дерева программой iqtree
Дерево идентично построенному по модели p-distance.
(получилось три одинаковых дерева, забавно)
Дерево на основе 12S rRNA
Рис5. Реконструкция филогенетического дерева по последовательностям малой РНК митохондриальных рибосом (12S rRNA)
К сожалению, люди решили, что секвенировать фуфликов (сусликов) это не интересно, поэтому Spermophilus musicus и Spermophilus pygmaeus не присутствуют на дереве выше, а также Petaurista xanthotis. Для этих организмов я, к сожалению, не смогла найти последовательность малой РНК рибосом митохондрий.
Дерево выглядит совершенно непохоже на предыдущие. Возможно играет роль качество секвенирования, так как не у всех последовательностей оно было полное. Как минимум: MUSAV должно быть вместе с GLIGL, CYNLE с CYNGU, XERRU противостоять SPEMU, SPEPY, CYNLE, CYNGU (тут противостоит только CYNGU) итд.
Дерево, укорененное во внешнюю группу
Я выбрала внешней группой - Lagomorpha, то есть зайцеобразных. А именно я взяла Sylvilagus palustris (Marsh rabbit, болотный кролик). Мнемоника: CYB SYLPA.
Рис6. Реконструкция филогенетического дерева программой с укоренением во внешнюю группу
Дерево опять вышло уникальным. PETXN внезапно отделилось от HYLAB, GLIGL и MUSAV вошли в кладу с XERRU, все они втроем состят в кладе с SPEMU, SPEPY, CYNLE, CYNGU (ну хоть тут они парочками стоят против друг друга, все нормально) итд.
Boooooootstraaaaaaap
Умный компуктер посчитал мне дерево со 100 переборами последовательностей (бутстреп=100).
Рис7. Реконструкция филогенетического дерева с бутстрепом программой fastme по модели MtREV
Результат неоднозначный: есть ветви, которые точно опредлеены (отделение GLIGL и MUSAV от всех остальных; ветвь разделяющая CYNLE и CYNGU ), есть достаточно вероятные, но есть и такие, которые встречались очень мало (со значением 6, 7): отделение HYLAB, SCINI, SCIAE от PETXN (что расходится с изначально построенным деревом) и отделение HYLAB, SCINI, SCIAE, PETXN от SPEMU, SPEPY, CYNGU, CYNLE.