Метаболические пути. KEGG.

Поиск графических формул и идентификаторов заданных низкомолекулярных веществ в KEGG.


Необходимо было найти в БД KEGG вещества: лизин и ацетилкофермент А.
L-лизин(lysine)ацетилкофермент А(acetyl coenzyme A)

Поиск метаболического пути. Выделение цветом пути превращения заданных веществ.

С помощью идентификаторов, найденных в первом задании была найдена карта с изображением пути деградации лизина в ацетилкофермент А. Самый короткий путь такого превращения состоит из 9 стадий. Они изображены на рисунке:

Данный рисунок был получен при использовании запроса: 
C00024 red          
C00047 red          
EC:1.13.12.2 yellow 
EC:3.5.1.30 yellow  
EC:2.6.1.48 yellow  
EC:1.2.1.20 yellow  
EC:6.2.1.6 yellow   
EC:1.3.99.7 yellow  
EC:4.2.1.17 yellow  
EC:1.1.1.35 yellow  
EC:2.3.1.9 yellow

Исследование выбранного метаболического пути

Выбранный путь состоит из 9 стадий. Все стадии описаны в таблице: Возможный путь
Превращение лизина в ацетилкофермент А
Этап
Ферментативная реакция
Фермент
1 L-lysine + O2 = 5-aminopentanamide + CO2 + H2O EC 1.13.12.2 
2 5-aminopentanamide + H2O = 5-aminopentanoate + NH3 EC 3.5.1.30
3 5-aminopentanoate + 2-oxoglutarate = 5-oxopentanoate + L-glutamate EC 2.6.1.48
4 glutarate semialdehyde + NAD+ + H2O = glutarate + NADH + 2 H+ EC 1.2.1.20
5 ATP + glutarate + CoA = ADP + phosphate + glutaryl-CoA EC 6.2.1.6
6 glutaryl-CoA + acceptor = crotonoyl-CoA + CO2 + reduced acceptor EC 1.3.99.7
7 (3S)-3-hydroxyacyl-CoA = trans-2(or 3)-enoyl-CoA + H2O EC 4.2.1.17
8 (S)-3-hydroxyacyl-CoA + NAD+ = 3-oxoacyl-CoA + NADH + H+ EC 1.1.1.35
9 2 acetyl-CoA = CoA + acetoacetyl-CoA EC 2.3.1.9
Не во всех организмах превращение лизина в ацетилкофермент А идёт тем же путём, также не у всех организмов данный путь известен. Данные по нескольким организмам приведены ниже в таблице:

Организм
Возможно ли превращение лизина в ацетилкофермент А по данным KEGG ? (Да/нет)
Краткое обоснование
Homo sapiens возможно, но идёт по другому отчасти схожему пути отсутствует ряд ферментов;идёт по другому более длинному частично совпадающему пути
Escherichia coli нет отсутствует ряд ферментов, ответственных за данный метаболический путь
Pseudomonas aeruginosa PAO1 нет отсутствует ряд ферментов, ответственных за данный метаболический путь
Methanococcus janaschii нет отсутствует весь ряд ферментов