Самостоятельная работа

Последовательность действий

Cначала был получил полный геном командой seqret sw:*_BACSU
Затем создал индексные файли программой makeblastdb
Трансляции всех открытых рамок считывания с необходимыми параметрами были извлечены с помощью программы getorf
Так как orf-файл и протеом бациллы это белковые последовательности, я пользовался программой blastp пакета EMBOSS
После, пользуясь grep и средствами Excell, создал файл с описанием найденых рамок.
Затем обработал полученные данные.

Файл с результатами

Гипотетические гены во фрагменте 21001-28001 AAGY02000002

3'-----[<=RL18,589-197]---[<= RL6,1176-637]---[<= RS8,1760-1365]--[<= RS14B,2314-2048]----[<= RL5,2898-2335]--[<= RL24,3203-2901]--[<= RL14,3649-3284]---[<= RS17,3941-3678]--[<= RL16, 4589-4179]--[<=RS3, 5249-4596]-[<= RL22, 5603-5262]----[<= RS19, 5902-5618]-------[<= RL2, 6836-6003]-5'


5'--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------3'

Вывод:Все сходные белки оказались на обратной цепи;При этом перекрывающихся участков не обнаружено.
Гены расположены достаточно близко друг к другу.

5'-----[=>RL2,137311-138141]--------[=>RS19,138202-138477]----[=>RL22,138497-138835]--[=>RS3,138842-139495]-[=>RL16,139500-139931]---[=>RS17,140147-140407]-[=>RL14,140451-140816]--[=>RL24,140857-141165]-[=>RL5,141195-141554]--[=>RS14*,141757-141939]---[=>RS8,141974-142369]--[=>RL6,142402-142938]--[=>RL18,142974-143333]-----------[=>RS14B,965909-966175]-3'


3'----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------5'

Далее был скачан геном B.subtilis и провдён поиск проогаммой BLASTN необходимых последовательностей.
Можно сказать,что,во первых,находки были расположены тоже близко друг от друга и имеют сходное положение в цепи.
Можно сделать вывод,что у сенной палочки гены гомологичны соответствующим генам из заданного организма
. *-2 по качеству гомолог.