Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

Поиск в геноме участков гомологичных заданному

1.

Поиск гомологов белка <такого-то> в геноме <такой-то бактерии>

Число находок с E-value < 0,001

 0

E-value лучшей находки

3e-09

Название последовательности с лучшей находкой

embl|AL591977|AL591977

Координаты лучшей находки (от-до)

234490-234756

Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой

38.7%

2.

Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN

Запись в EMBL с данной последовательностью:CP000255.1 Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757, completegenome.
Координаты последовательности в записи:1226676-1226855,соответствует самой записи.
В поле FT присутствует кодирующий участок,содержащий данную последовательность:
CDS:122567-1227836.
Направление прямое,кодирует АТФ-зависимую ДНК хеликазу RegG.
На мой взгляд причиной того,что записи геномов не совпадают,является тот факт,что за ген определяемого белка крыссы был принят фрагмент последовательности E.coli.Т.к E.coli распространён повсеместно,то,возможно, при секвенировании генома крысы геном E.coli вызвал искажение результатов. 3.

Поиск гомологов гена программой BLASTN

По неизвестной причине гомологов найдено не было. Тогда был использован TBLASTX: e-value лучшей находки:3e-06 название последовательности:embl|AL591977|AL591977 Listeria monocytogenes strain EGD, complete genome, segment 5/12 координаты находки:234490-234636 Ещё для поиска гомологов был применён TBLASTN: e-value лучшей находки:3e-09 название последовательности:embl|AL591977|AL591977 Listeria monocytogenes strain EGD, complete genome, segment 5/12 координаты находки:234490-234756