Геномные браузеры
EnsEMBL
1)Есть возможность зарегистрироваться на портале
2)Есть панель с информацией о том,какие возможности есть у сайта для тех,кто пользуется им
в первый раз.
3)Есть,панель с информацией о нововведениях в последнем релизе
4)Имееться панель со ссылками на Европейский Биоинформатический Институт и Институт Сэнгера
5)Панель для "быстрого старта" (выбрать геном какого-либо организма)
6)Панель поиска по БД
7)Панель с наиболее часто мспользуемыми дляисследования организмами
Сервис,на мой взгляд,довольно удобный в использовании
Я провёл поиск по названию гена HLA-B.
Было найдено 62 гена и 556 транскриптов.
Запуск по BLASTN последоватеьности экзона.
Из страницы с результатами по поиску гена я понял следующее:
1)На первом изображении показывется,на какой хромосоме,в каком участке локализовн искомый мной ген.
2)Расположения выравниваний в исходной последовательности(красным- наиболее консервативные участки.
3)В третем окнке приведена краткая информация о выравнивании.Интересно,что параметры отображения результатов
можно менять.Можно запросить для каждого параметра название(название вводимой последовательности,хромосомы,в которой она находиться) началу последовательности и концу,а также по origin.
Можно сортировать результаты по E-value,P-value,длине,ID(ID - это identity выравнивания запроса и находки),score( баллы выравниваия, безразмерная величина, характеризующая его качество),
ori(ориентация последовательностей (запроса, находки и хромосомы с находкой) относительно выравнивания, к origin'ам репликации она никакого отношения не имеет)
.
Ещё есть ссылки на вырывнивания[A], соответств. участки генома[G], подробное описание структуры данного участка[C].
В третьем столбце была указана ссылка Contig View(с картинками, показывающими ее расположение на хромосоме. Т. е. на этой странице мы всегда рассматриваем одну находку, остальное - ее соседи по геному)Перешёл по ней и могу привести следующие результаты:
.
Картинка с локализацией заданной в 6й хромосоме.
Нажимая ЛКМ по картинке,можно вызвать всплывающие окна (увеличение, переход по той или иной записи)
Так же можно экспортировать изображения ( маленькая ссылка внизу картинки)
Поле с детальной информацией о регионе хромосомы ( щелкая по полю тоже появляются возможнотси тонкой настройки выдачи)
Можно узнать: сколько находок мы рассматриваем (и пройти к ним по ссылке),отдельные участки хромосомы('bands'), имена контигов, что обозначено в записи (по обозначениям под кортинкой),
положение контига в геноме (под картинкой).Его можно узнать точнее, щелкнув по нему мышью и выбрав с появившемся меню пункт "Export contig sequence/features".Есть ползунок.это увеличение, причем можно выбирать ген, введя его имя в соответствующее поле.
Так также указываны все известные последовательности, выровнявшиеся с данным фрагментом генома, в том числе и некодирующие РНК.
В самом нижнем окошке представлен увеличенный участок с 1 контигом.Назначение картинки-ее назначение - продемонстрировать все транскрипты моей находки, а также выравнивающиеся с ними кДНК баз данных NCBI RefSeq и ENA.
К вышеперечисленому здесь добавляется информация о соответствии участков со сходными
записями Uniprot, добавлена кривая % содержания GC в контиге (%GC измеряется для % оценки всех геномов).
Слева есть путеводитель по результатам, откуда можно узнать о данных сравнительной геномики, вариации генов и посмотреть на другие геномные браузеры.
Поиск происходит по базе Human (GRCh37), самой новой.
Сравнение
UCSC - первое,что бросается в глаза-некрасивый дизайн.Неочевидно,как сразу сориентироваться на сайте,по каким ссылкан нужно переходить.
NCBI - Хорошие дизайн и навигация, но разобратся в нем не легче чем в EnsEMBL. Другие названия тех же функций, но функций немного больше.
Vega -Браузер Vega компактный с узкой специализацией- размещению результатов проекта havana по ручной аннотации геномов некоторых позвоночных.