Занятие 9

Задание 1

Выбранный домен из моего белка P19493
длина:281 аминокислотных остатка: 544-825 AC: PF00060
ID: Lig_chan(Ligand-gated ion channel)
http://pfam.sanger.ac.uk/family/Lig_chan
Всего - 66 архитектур в 2122 последовательностях и 214 видах.
Так как архитектура только одна, то и её характеристика совпадает с характеристикой домена.
Выравнивание в java
Выравнивание в fasta
Выравнивание отобранных последовательностей
Выбранные доменные архитектуры (2):
Были взяты 2 архитектуры-полидоменная и монодоменная 543 последовательности с монодоменной архитектурой:

366 последовательностей с архитектурой:

В данной архитектуре 2-й домен - PF10613 - ионный канал, сайт связывания L-глутамата и глицина, 3-й - PF01094 - рецептор атриальных натриуритических факторов.

Таблица в Excel
Для однодоменной архитектуры получилось повыбирать из эукариот и бактерий
Более сложная 3-доменная архитектура присутствовала только у эукариот.