Алгоритмы реконтрукции филогении
1.
Укоренение произошло в ветвь {FINM2} vs {ENTFA,STRP1,LACDA,BACAN,GEOKA,STAA1} также как и в
исходном дереве,но STAA1 расположен неверно.
2.
Если не учитывать внешнюю группу,то можно отметить,что укоренение произошло в ветвь {FINM2}
vs {ENTFA,STRP1,LACDA,BACAN,GEOKA,STAA1}.Можно отметить,что STAA1 и GEOKA поменялись местами.
3.
+-----------------------FINM2
+--43.5-|
| | +---------------LACDA
| +--36.3-|
+--62.8-| | +-------ENTFA
| | +--92.0-|
| | +-------STRP1
+-------| |
| | +-------------------------------STAA1
| |
| +---------------------------------------BACAN
|
+-----------------------------------------------GEOKA
Скобочная форулма дерева-((((FINM2:100.0,(LACDA:100.0,(ENTFA:100.0,STRP1:100.0):92.0):36.3):43.5,STAA1:100.0):62.8,
BACAN:100.0):100.0,GEOKA:100.0);
Скобочная формула дерева,полученная из исходного выравнивания-((((STRP1,ENTFA),((GEOKA,BACAN),STAA1)),LACDA),FINM2);
Структура деревьев различна:
В дереве,полученном из исходного выравнивания 3 общих с исходным дерева:
{BACAN,GEOKA}против{FINM2,ENTFA,STRP1,LACDA,STAA1}
{BACAN,GEOKA,STAA1}против{FINM2,ENTFA,STRP1,LACDA}
{ENTFA,STRP1}против{FINM2,LACDA,BACAN,GEOKA,STAA1}
А в консенсусном дереве 4:
{ENTFA,STRP1}против{FINM2,LACDA,BACAN,GEOKA,STAA1}-92.0
{GEOKA,BACAN} против {FINM2,LACDA,ENTFA,STRP1,STAA1}-62.8
{BACAN,GEOKA,STAA1} против {FINM2,ENTFA,STRP1,LACDA}-43.5
{ENTFA,STRP1,LACDA}против{FINM2,BACAN,GEOKA,STAA1}-36.3
Что касается ветвей меньшенства, то в выходеом файле деревья меньшенства, получившие высокую поддержку - это
{BACAN,GEOKA,FINM2} против {STAA1,STRP1,ENTFA,LACDA}(37.83), {FINM2,LACDA} против {ENTFA,STRP1,STAA1,BACAN,GEOKA}(35.00), {LACDA,ENTFA} против {FINM2,STRP1,STAA1,BACAN,GEOKA}(27.67),
{BACAN,FINM2} против {GEOKA,STAA1,STRP1,ENTFA,LACDA}(17,50).
У остальных ветвей меньшинства поддержка крайне низкая, и среди них нет правильнх.
Таким образом, после применения bootstrap'а были найдены все 4 ветви, которые есть в исходном дереве. Качество реконструкции филогении улудшилось.