Занятие4

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

AC и координаты рРНК

  1. AE004092:Streptococcus pyogenes-STRP1 17170..18504
  2. AE016830:Enterococcus faecalis-ENTFA 248466..249987
  3. AE016879:Bacillus anthracis-BACAN 9335..10841
  4. AP008971:Finegoldia magna-FINM2 197837..199361
  5. AP009324:Staphylococcus aureus-STAA1 complement(2001521..2003075)
  6. BA000043:Geobacillus kaustophilus-GEOKA 87717..87820
  7. CR954253:Lactobacillus delbrueckii-LACDA 689136..690696

Список программ

  1. entret для получения записей EMBL
  2. seqret для вырезания части последовательности,соответствующей рРНК
  3. выравнивание fasta файлов программой muscle
  4. дерево получено использованием программ fdnadist и fneighbor 
  +----GEOKA  
+-2           
! ! +--STAA1  
! +-1         
!   +-BACAN   
!             
! +----LACDA  
3-4           
! ! +---STRP1 
! +-5         
!   +--ENTFA  
!             
+--------FINM2
((GEOKA:0.07071,(STAA1:0.04503,BACAN:0.02897):0.01119):0.00636,
(LACDA:0.08739,(STRP1:0.07083,ENTFA:0.04801):0.00642):0.00955,FINM2:0.15742);


По структуре дерево почти полностью соответствует исходному за исключением того факта,что
листья GEOKA и BAKAN поменялись местами.
Таким образом,можно сделать вывод,что качество реконструкции возросло по сравнению с деревьями,построенными
по белкам.

Построение и анализ дерева,содержащего паралоги

Поиск и отбор гомологов осуществлялся при помощи программы BLAST,установленной на сервере.
Были создани индексные файлы,и был запущен BLASTP с порогом E-value 0,001.Затем были отобраны
Белки,относящиеся с выбранным бактериям.
                                                                
+--------B0S222_FIN                                             
!                                                               
!                                +----HSLU_LACDA                
!                              +-5                              
!                              ! +--HSLU_ENTFA                  
!                      +-------6                                
!                      !       ! +----HSLU_STAA1                
!                      !       +-4                              
!                      !         ! +-HSLU_GEOKA                 
!                      !         +-3                            
1----------------------7           +-HSLU_BACAN                 
!                      !                                        
!                      !                     +-------B0S3J0_FIN 
!                      ! +-------------------2                  
!                      ! !                   +------B0S3X9_FIN  
!                      +-8                                      
!                        !     +---B0S2N5_FIN                   
!                        !     !                                
!                        +----11     +--CLPX_ENTFA              
!                              !  +-10                          
!                              !  !  +--CLPX_STRP1              
!                              +-12                             
!                                 !  +--CLPX_STAA1              
!                                 +-13                          
!                                    ! +CLPX_BACAN              
!                                    +-9                        
!                                      +CLPX_GEOKA              
!                                                               
+------B0S0E3_FIN
(B0S222_FIN:0.57468,(((HSLU_LACDA:0.30081,HSLU_ENTFA:0.21393):0.04499,
(HSLU_STAA1:0.30698,(HSLU_GEOKA:0.15294,HSLU_BACAN:0.15658):0.08028):0.07407):0.51073,
((B0S3J0_FIN:0.50504,B0S3X9_FIN:0.48460):1.35639,(B0S2N5_FIN:0.26201,
((CLPX_ENTFA:0.17587,CLPX_STRP1:0.17293):0.05029,(CLPX_STAA1:0.21752,
(CLPX_BACAN:0.08141,CLPX_GEOKA:0.08028):0.09913):0.02083):0.03072):0.37636):0.05640):1.50321,B0S0E3_FIN:0.48867);


Ортологи:CLPX_STAA1,CLPX_BACAN,CLPX_GEOKA
Паралоги:B0S3J0_FIN,B0S3X9_FIN