Gene Ontology

Part1

Описание функции белка SPSA_BACSU с помощью аннотации Gene Ontology

Из-за нехватки данных по заданному белку был также взят белок YUAD_BACSU

Описание функции белка SPSA_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

  Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
Где? C, Cellular Component, часть клетки 0 -
Зачем, для чего?(приведено для белка YUAD_BACSU P, Biological Process, участником какого процесса является 1 metabollic process:Химические реакции и пути,включающие в себя процессы анаболизма и катаболизма,при помощи которых организмы
преобразуют химические субстраты.Под действием метаболических процессов трансформируются,в основном малые молекулы.Метабоические процессы охватывают
и макромолекулярные процессы,такие как репарация и репликация ДНК и синтез и деградация белков.Метаболические процессы не включают одиночныз процессов,
таких как межбелковые взаимодействия,взимодействия белков и нукл.кислот и взаимодействий рецептора с лигандом.
Молекулярный механизм? F Molecular Function, как участвует в процессе 2 transferase activity;Катализ переноса метильной группы,гликозильной группы,фосфор содержащей группы
или других группы от химических соединений(как правило,так называемых доноров) к другим соединениям(акцепторам).Трансфераза-
систематическое название фермента EC класса 2
transferase activity,transferring glycosyl groups-трансфераза со специфической функцией-перенос гликозильной группы
Специфичность? F Molecular Function 0 -

Термины GO,ассоциированные с белком SPSA_BACSU

Описание терминов GO

GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
0016740 отсутствуют is_a (inferred) molecular_function (GO:0003674) is_a catalytic activity (GO:0003824)
2'-phosphotransferase activity (GO:0008665)

 is_a 
CDP-alcohol phosphotransferase activity (GO:0008414)

 is_a 
glucanosyltransferase activity (GO:0042123)

 is_a  
Kdo transferase activity (GO:0043842)

 is_a
mannosylphosphate transferase activity (GO:0000031)

 is_a 
S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase activity (GO:0051075)

 is_a
transferase activity, transferring acyl groups (GO:0016746)

 is_a
transferase activity, transferring aldehyde or ketonic groups (GO:0016744)

 is_a 
transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups (GO:0016765)

 is_a  
transferase activity, transferring glycosyl groups (GO:0016757)

 is_a 
transferase activity, transferring nitrogenous groups (GO:0016769)

 is_a   
transferase activity, transferring one-carbon groups (GO:0016741)

 is_a
transferase activity, transferring phosphorus-containing groups (GO:0016772)

 is_a   
transferase activity, transferring selenium-containing groups (GO:0016785)

 is_a  
transferase activity, transferring sulfur-containing groups (GO:0016782)
0016745 alt_id: GO:0016744
exact: transketolase or transaldolase activity
is_a (inferred) molecular_function (GO:0003674) is_a (inferred) catalytic activity (GO:0003824) is_a transferase activity (GO:0016740)
1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity (GO:0008661)

 is_a
2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity (GO:0050439)

 is_a 
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity (GO:0070204)

 is_a 
acetoin-ribose-5-phosphate transaldolase activity (GO:0047156)

 is_a
acetolactate synthase activity (GO:0003984)

 is_a
fluorothreonine transaldolase activity (GO:0033806)

 is_a 
formaldehyde transketolase activity (GO:0047896)

 is_a
macrophomate synthase activity (GO:0033191)

 is_a 
sedoheptulose-7-phosphate:D-glyceraldehyde-3-phosphate glyceronetransferase activity (GO:0004801)

 is_a 
transketolase activity (GO:0004802)
0008152(YUAD_BACSU) narrow: metabolic process resulting in cell growth
exact: metabolism
narrow: metabolism resulting in cell growth
is_a biological_process (GO:0008150) biosynthetic process (GO:0009058)is_a
catabolic process (GO:0009056)is_a
cellular metabolic process (GO:0044237)is_a
hormone metabolic process (GO:0042445)is_a
macromolecule metabolic process (GO:0043170)is_a
multi-organism metabolic process (GO:0044033)is_a
multicellular organismal metabolic process (GO:0044236)is_a
negative regulation of metabolic process (GO:0009892)negatively_regulates
nitrogen compound metabolic process (GO:0006807)is_a
organic substance metabolic process (GO:0071704)is_a
organophosphate metabolic process (GO:0019637)is_a
oxidation-reduction process (GO:0055114)is_a
pigment metabolic process (GO:0042440)is_a
positive regulation of metabolic process (GO:0009893)positively_regulates
primary metabolic process (GO:0044238)is_a
regulation of metabolic process (GO:0019222)
respiratory burst (GO:0045730)is_a
secondary metabolic process (GO:0019748)is_a
small molecule metabolic process (GO:0044281)is_a

transferase activity

transferase activity,transferring glycosyl group
metabollic process

Part2

Описание протеома бактерии

Выбранная бактерия: Bacillus subtilis BSn5
Согласно страничке Genome statistics, в протеоме 4145 белков.
Если нажать на ссылку с именем бактерии, видим Protein-coding Sequences 4145
SRS без указания ссылок на GO находится 4145 белков.
Число записей в SRS о белках выбранной бактерии, ссылающихся на GO: 2767(66.7%).

Гистограмма частоты встреч терминов словарей


Чаще всего встречаются термины словаря Function.
Наиболее часто встречающиеся термины:
-из словаря Function: GO:0003677 - DNA binding (246 раз), GO:0005524 - ATP binding (349 раз)
-из словаря Process: GO:0006351 - transcription, DNA-dependent (146 раз)
-из словаря Cell component: GO:0016021 - integral to membrane (392 раза)
В общем частота терминов вполне объяснима: многие процессы (большинство) в клетке идут с затратами энегрии - нужна АТФ.
Из внутриклеточных процессов транскрипция - одна из основных, поэтому множество белков в ней задействованы.
Мембранных белков в клетке также очень много, поэтому из 'клеточных компонентов' 'integral to membrane' - самый частый термин.

Белки ячменя

Род:Ячмень
Ранг:Род
Латинское название:Hordeum;Hordeum L(synonym)
Английское название:Barley
NCBI Taxonomy ID:4512
Taxonomy:Lineage( full )
cellular organisms; Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Streptophytina; Embryophyta; Tracheophyta; Euphyllophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; commelinids; Poales; Poaceae; BEP clade; Pooideae; Triticeae

Функция - фосфорилирование(phosphorylation)
Описание:Процесс введения фосфатной группы в молекулу, обычно с формированием сложного эфира,фосфорног ангидрида или фосфорного амида
Наиболее подходящий термин:
Translation - GO:0016310
Словарь: biological process
Форма запроса к SRS: ([swissprot-NCBI_TaxId:4512*] > ([swissprot-DbName:GO*] & [swissprot-DBxref:GO:0016310]))
Был произведён поиск с заданными параметрами,но белков из заданного таксона,выполняющих функцию фосфорилирования,по какой-то причине найдено не было.