Занятие 7
Задание 1
Задание1
ID:PPOX_HUMAN
FULL:Protoporphyrinogen oxidase
Alternatice names:Protoporphyrinogen IX oxidase.
Protoporphyrinogenase.
EC:1.3.3.4;
Systematic name:
protoporphyrinogen-IX:oxygen oxidoreductaseOxidoreductases;
Acting on the CH-CH group of donors; With oxygen as acceptor
Класс=1, Оксидоредуктазы; Подкласс=3, Действующие на CH-CH группу доноров; Подподкласс=3, С кислородом в качестве акцептора
Реакция:
protoporphyrinogen IX + 3 O2 = protoporphyrin IX + 3 H2O2
Задание2
Таблица белков мыши с EC.
Всего 778 белка.
Подкласс совпадает у 43 белков(1.3.*)
Подподкласс совпадает у 5 белков (1.3.3.*)
Вся классификация совпадает у 1 белка (1.3.3.4)
Белки мыши в fasta.
Результаты Blastp
Результаты Blastp
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value EC
sp|P51175|PPOX_MOUSE Protoporphyrinogen oxidase; 805 0.0 1.3.3.4
sp|Q8BW75|AOFB_MOUSE Amine oxidase [flavin-containing] B; 50.8 6e-08 1.4.3.4
sp|Q64133|AOFA_MOUSE Amine oxidase [flavin-containing] A; 45.1 3e-06 1.4.3.4
sp|Q3U4I7|PYRD2_MOUSE Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreduct... 34.7 0.005 1.-.-.-
sp|Q8C0L6|PAOX_MOUSE Peroxisomal N(1)-acetyl-spermine/spermidin... 34.7 0.005 1.5.3.13
sp|Q6ZQ88|KDM1A_MOUSE Lysine-specific histone demethylase 1A; 32.7 0.019 1.-.-.-
sp|Q9DBT9|M2GD_MOUSE Dimethylglycine dehydrogenase, mitochondrial; 30.4 0.073 1.5.99.2
sp|Q9CQF9|PCYOX_MOUSE Prenylcysteine oxidase; 30.0 0.10 1.8.3.5
sp|Q64FW2|RETST_MOUSE All-trans-retinol 13,14-reductase; 29.6 0.12 1.3.99.23
sp|Q8CIG3|KDM1B_MOUSE Lysine-specific histone demethylase 1B; 29.6 0.16 1.-.-.-
sp|P19096|FAS_MOUSE Fatty acid synthase; 26.9 0.96 2.3.1.85 2.3.1.38 2.3.1.39 2.3.1.41 1.1.1.100 4.2.1.61 1.3.1.10 3.1.2.14
Всего 11 находок, 2 можно считать "хорошими".