Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

Задание 1

Доменная структура белка SPSA_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
(по-русски! и желательно с кратким пояснением)		 Положение в последовательности белка XXXX_BACSU Клан
1. PF00535 Glycos_transf_2 Семейство названо по фермент гликозил трансфераза 2.Это разнообразная семья,доставляющая сахар из UDP-глюкозы,UDP-N-ацетил-галактозамина,
GDP-манозы или из CDP-абеквозы к разнообразным субстратам,которые вклюючают целлюлозу,долихол фосфатазу и тейхоевую кислоту. 		5-172 клан GN-A(CLO110) содержит 35 семейств,а общее число доменов в клане:58533.В клане содержаться разнообразные гликозилтрансферазы,для которых характерна
укладка Россмана.
2.      

Задание 2

1)Входит в 258 архитектур
2)известна для 25820 белков
3)известна для 9 белков
4)выравнивание фрагментов белков
выравнивание фрагментов белков

Задание 3

Представленность домена PFxxxx в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF00652.
Эукариоты Зеленые растения 114
Грибы 80
Животные 553
Остальные эукариоты 95
Археи 10
Бактерии 951
Вирусы 3

Представленность домена PFxxxx в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF03142.
Эукариоты Зеленые растения не указано
Грибы 359
Животные 160
Остальные эукариоты 66
Археи 1
Бактерии 773
Вирусы 12


Таксономическое древо для моего домена оказалось настолько крупным,что отказалось выводиться(об этом прямо написано на страничке древа),так что я взял другой домен из последовательности с исходным

Задание 4

table border="1">

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis 1. PF08007 1 Больше белков с аналогичной доменной организацией не обнаружено.Можно сделать вывод,что представленный домен является присущим только одному белку бактерии,а,значит,он уникален для данного таксона


В моём белке был только один домен,а дерево я смог открыть только в текстовом формате,так что я взял белок другого студента(YXBC_BACSU) и исследовал его.

Задание 5

Домен Glycos_transf_2 (PF00535) встречается в сочетании с разными доменами, причем бывает как на N-, так и на С-конце последовательности.Также может он и встречаться и в середине последовательности.
Домен может быть найден как целиком,так и фрагментом.Часто встречается в сочетании с мотивами и трансмембранными участками низкой сложности.Домен может несколько раз повторяться.