задание 1


фрагмент множественного выравнивания.
Я выбрал фрагмент множественного выравнивания с 20 а.с по 40.Начало маркировал словом begin,а конец-словом end.
При этом предпоследней букве обоих слов соответствует последняя цифра в нумерации а.с,т.к нумерованный а.с распологается
под первой цифрой(в данном случае под 0)
Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности YLQKAIESVLQQTHDLWELFI 1 НЕТ
Сильный [DQRC]-[YLT]-[LA]-[QIAEN]-[KREDQ]-[ASTG]-[IV]-[EKHL]-S-[VIC]-L-[QRSDN]-Q-[TDS]-[HY]-[DSKHQ]-[LNH]-[WI]-E-[LM]-[FI] 3 НЕТ
сильный x-[YLT]-[LAVIG]-x(3)-[ILMV]-x-S-[VIC]-L-x-Q-[TDS]-[YH]-x-[LNH]-[WI]-E-[LM]-[FI] 4 нет
слабый [YLT]-[LIMV]-x(3)-[ILMV]-x-S-[VIC]-L-Q-[TDS]-[YH]-x-[LNH]-[WI]-E-[LM] no hits нет
Почему-то,когда я задал более "мягкий" паттерн,утилита нашла 5 белка из моего выравнивания(всего 6),а,задав узкие рамки поиска было найдено 3.
К тому же,как бы я ни старался задать "мягкое" выравнивания,у меня либо поиск не даёт ничего,либо я опять возвращаюсь к "сильному" выравниванию.
Последовательностей,не совпадающих с моими выравниваниями не нешлось.

задание 2

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00001 NKSD сайт N-гликолизирования паттерн N-{P}-[ST]-{P} нет 11
PS00006 TfsD сайт фосфорилирования казеин киназы 2 паттерн [ST]-x(2)-[DE][SorTisthephosphorylationsite] нет 11
PS00006 SdfE сайт фосфорилирования казеин киназы 2 паттерн [ST]-x(2)-[DE][SorTisthephosphorylationsite] нет 11
PS00006 SneE сайт фосфорилирования казеин киназы 2 паттерн [ST]-x(2)-[DE][SorTisthephosphorylationsite] нет 11
PS00006 ThpE сайт фосфорилирования казеин киназы 2 паттерн [ST]-x(2)-[DE][SorTisthephosphorylationsite] нет 11
PS00006 Sv1E сайт фосфорилирования казеин киназы 2 паттерн [ST]-x(2)-[DE][SorTisthephosphorylationsite] нет 11
PS00006 SywD сайт фосфорилирования казеин киназы 2 паттерн [ST]-x(2)-[DE][SorTisthephosphorylationsite] нет 11
PS00007 KertEktrY сайт фосфорилирования тирозин киназы паттерн [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Yor[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y нет 11
PS00005 Tek сайт фосфорилирования протеин киназы C паттерн [ST]-x-[RK] нет 11
PS00005 TvR сайт фосфорилирования протеин киназы C паттерн [ST]-x-[RK] нет 11
PS00005 S1K сайт фосфорилирования протеин киназы C паттерн [ST]-x-[RK] нет 11
Спецефичные мотивы в моём белке отсутствуют