Занятие 13:вторичная структура белка



Белок SPSA_BACSU относится к бета-структурным:

Информация о белке:
Так как белок SPSA.BACSU состоит только из цепи А,то описание элементов структуры будет справедливо
и для одной цепи.
Тогда:
Кол-во водородных связей-173
Кол-во альфа-спиралей-12
Кол-во бета складок-13
Кол-во бета-поворотов-20
тип структуры:альфа/бета белок
Для исследования вторичной структуры были выбраны следующие элементы:
самая длинная спираль-GLU 43-ASN 54
max разворот полипептидной цепи-ARG 57-ASP 55
самая длинная пара параллельных бета-тяжей-PHE 32-ASP 38 VAL 10-SER 4
самая длинная пара антипараллельных бета-тяжей- TYR 205-ILE 216 VAL 122-HIS 131
скрипт structure.spt последовательно задаёт каждое из заданных множеств атомов и в скрипте structur2.spt
выбранный CA поворот-ARG57,ASN56,ASP55
паттерн водородных связей для a-спирали и b-тяжа для helix-H(49,52),H(49,53),H(51,54)
для Sheet-H(8,37;35,37;35,8;6,8;6,35;33,6;4,6;4,33)

B-тяж
для промежутка 58-62:A or 32-38:A or 4-10:A

A-спираль
для промежутка 43-54:A

заключение:атомы CB располагаются поочерёдно
заключение:атомы CB находятся внутри спирали и направлены к N-концевуму участку