| Cхема из Pfam: |
|||||
| Пояснения к схеме |
|||||
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов | Положение в последовательности белка PUR1_BACSU | Клан |
| 1 | PF00310 | GATase_2 | Glutamine amidotransferases class-II – глутаминовые аминотрансферазы, класс 2. В белке найден фрагмент. | 12-68 | Клан NTN-гидролаз |
| 2 | PF00310 | GATase_2 | Glutamine amidotransferases class-II – глутаминовые аминотрансферазы, класс 2. | 58-206 | Клан NTN-гидролаз - CL0052 |
| 3 | PF00156 | Pribosyltran | Phosphoribosyl transferase domain – фосфорибозил трансферазы. Семейство различных трансфераз. | 264-385 | Клан не указан |
Упражнение 2
Домен GATase_2 входит в 37 архитектур, для него известно 7438 последовательностей и для 7 разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура (домена или всего белка).
Выравнивание, скорее указывает на родственность белков, т.к. можно выделить достаточно консервативные участки, например 261-281 292-308. С другой стороны, их немного, и они короткие.
Упражнение 3
Я взяла свой белок.
Домен GATase_2
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00310.
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 125 |
| Грибы | 319 | |
| Животные | 212 | |
| Остальные эукариоты | 92 | |
| Археи | 298 | |
| Бактерии | 6370 | |
| Вирусы | 12 | |
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF00156.
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 275 |
| Грибы | 643 | |
| Животные | 384 | |
| Остальные эукариоты | 228 | |
| Археи | 667 | |
| Бактерии | 16641 | |
| Вирусы | 8 | |
Второй домен более распространен, часто встречается у бактерий, зато реже у вирусов
Упражнение 4
| № | PFAM ID | Bacillus subtilis |
| 1. | PF00310 | 8 |
| 2. | PF00156 | 20 |
Упражнение 5
Домены GATase_2 и Pribosyltran могут встречаться вместе (например, в моем белке) и по отдельности: только Pribosyltran в APT1_ARATH, а только GATase_2 в GLXB_RHIME. GATase_2 может дуплицироваться GFA1_CANAL, может, как в предыдущих быть частично, а может быть целиком: GLTB1_ARATH Обычно GATase_2 на N-конце, но может быть и на С Q24DC7_TETTH В GATase_2 может быть вставлен другой домен: GLMS_METJA Pribosyltran может быть на С(см. мой белок) и N-конце(PYR5_ARATH) Pribosyltran может дуплицироваться O28485_ARCFU