Практика 11. MEME

Упражнение 1

Найдено 3 мотива, т.к. было поставлено такое ограничение.

№ мотива Во всех ли пос-тях есть Координаты P-value Длина E-value
1. Отсутствует в GLMS_HELPJ 349-399 6.01e-57 50 1.9e-072
2. Отсутствует в GLMS_HELPJ 290-340 1.25e-56 50 1.0e-073
3. Отсутствует в GLMS_HELPJ 247-287 5.77e-43 40 1.1e-042

Выравнивание MEME совпало с выравниванием Muscle

Первый мотив

Второй мотив

Третий мотив

MAST

Взят домен GATase_2. Первый и второй мотивы найдены в двух последовательностях, третий в четырёх. Все три не найдены ни в одном. Всего выдано 15 последовательностей. Так как мотивы есть в очень небольшом количестве последовательностей, то мотивы не всегда были выровнены Pfamом.

На главную


©Tsepkova Polina