| Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | Поиск по "nr" | |
| 1. Лучшая находка | |||
| Accession | P00497.2 | 1GPH_1 | NP_388531.2 |
| E-value | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Вес (в битах) | 983 | 959 | 983 |
| Процент идентичности | 100% | 97% | 100% |
| 2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний с E-value < 1e-10) | 167 | 6 | 4828 |
| 3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) | |||
| Номер находки в списке описаний | 256 | 10 | 7532 |
| Accession | B1XSI4.1 | 3LPN_A | XP_001833359.1 |
| E-value | 0.97 | 0.080 | 1.00 |
| Вес (в битах) | 35.4 | 35.0 | 39.7 |
| % идентичности | 31 | 30 | 30 |
| % сходства | 50 | 51 | 48 |
| Длина выравнивания | 101 | 82 | 104 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | Query:345-444; Sbjct:296-394 | Query:301-382; Sbjct:164-236 | Query:96-195; Sbjct:60-151 |
| Число гэпов | 3 | 9 | 16 |
Свой белок я нашла во всех трех банках. Разное количество находок может быть из-за разницы в общем числе белков в банках. E-value лимитиовал число находок только в случае с PDB.
Задание 2
| Лучшие гомологи из разных таксонов | |||||||
| Таксон | Eukaryota | Actinobacteria | Clostridia | Lactobacillales | Listeriaceae | Geobacillus | Bacillus anthracis |
| Accession | P52418.1 | P65830.1 | Q67T12.3 | P35853.2 | Q722H1.3 | Q5L3P0.3 | Q81VN5.3 |
| E-value | 6e-126 | 3e-122 | 3e-21 | 5e-56 | 1e-20 | 3e-19 | 2e-17 |
| Вес (в битах) | 450 | 434 | 97.8 | 214 | 94.0 | 88.6 | 81.6 |
| % идентичности | 50 | 45 | 29 | 54 | 30 | 31 | 28 |
| % сходства | 69 | 65 | 48 | 73 | 48 | 50 | 50 |
| Длина выравнивания | 452 | 475 | 231 | 195 | 229 | 232 | 225 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | Query:10-459; Sbjct:79-525 | Query:4-466; Sbjct:27-496 | Query:12-236; Sbjct:2-213 | Query:1-194; Sbjct:1-194 | Query:12-238; Sbjct:2-223 | Query:12-233; Sbjct:2-219 | Query:12-233; Sbjct:2-219 |
| Число гэпов | 7 | 17 | 25 | 2 | 9 | 24 | 10 |
Задание 3
| Сравнение выравниваний, сделанных разными программами | |||
| Программа | blastp | needle | water |
| Выравнивание | P00497, BLOSUM62, штрафы за гэпы 11 и 1 | needle sw:PUR1_BACSU GLMS_BACAN Bacan-my.needle -gapopen 11.0 -gapextend 1.0 | water sw:PUR1_BACSU GLMS_BACAN Bacan-my.water -gapopen 11.0 -gapextend 1.0 |
| Score | 81.6 | 173.0 | 211.0 |
| Длина | 225 | 632 | 323 |
| Совпадения | 28% | 18.2% | 25.4% |
| Сходство | 50% | 32.9% | 46.7% |