Упражнение 2
Выбран участок 151-168. Граничащие с блоком остатки выкрашены в зелёный
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | I-F-Q-T-S-S-D-T-E-V-L-A-H-L-I-K-R | 1 | PUR1_BACSU - мой белок |
| Сильный | [AGEVI]-[FL]-[LFTHQ]-[SIT]-[QDTS]-[TS]-D-[TVS]-E-[VL]-[IL]-[ATSM]-[HQF]-[LA]-[IL]-[ESMRK]-[ENKR] | 15 | все, другие найденные белки с теми же паттернами - это такие же белки из тех же родов |
| Слабый | [TSIL]-[DQTS]-[TS]-[DN]-[TSV]-[EQ]-[IVLM]-[IVLM]-[TSAM]-[HQF]-[LA]-[IVLM] | 53 | все |
Упражнение 2
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00103 | PUR_PYR_PR_TRANSFER | Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature | паттерн | [LIVMFYWCTA]-[LIVM]-[LIVMA]-[LIVMFC]-[DE]-D-[LIVMS]-[LIVM]-[STAVD]-[STAR]-[GAC]-x-[STAR] | да | 1 |
| PS00008 | MYRISTYL | N-myristoylation site | Паттерн | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} | нет | 10 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Casein kinase II phosphorylation site | паттерн | [ST]-x(2)-[DE] | нет | 11 |
| PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | N-glycosylation site | паттерн | N-{P}-[ST]-{P} | нет | 3 |
| PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Protein kinase C phosphorylation site | паттерн | [ST]-x-[RK] | нет | 6 |
| PS00009 | AMIDATION | Amidation site | паттерн | x-G-[RK]-[RK] | нет | 2 |
