Задание 2
Упражнение 1
В сторону большой бороздки обращены A10.N6, N7, C5, C6
В сторону малой бороздки обращены A10.N3, C2, C4
Остальные примерно посередине
Упражнение 2
|
A-форма |
B-форма |
Z-форма |
Тип спирали (правая или левая) |
правая |
правая |
левая |
Шаг спирали (A) |
28.03 |
33.75 |
43.50 |
Число оснований на виток |
11 |
10 |
12 |
Ширина большой бороздки |
7.98, от 30:B |
17.21, от 30:B |
7.20, от 30:B |
Ширина малой бороздки |
16.81, от 30:B |
11.69, от 30:B |
18.30, от 30:B |
Упражнение 3
|
A-форма |
B-форма |
альфа |
-51.72 |
-29.91 |
бета |
174.79 |
136.33 |
гамма |
41.70 |
31.16 |
дельта |
79.10 |
143.34 |
эпсилон |
-147.83 |
-140.78 |
кси |
-75.09 |
-160.49 |
хи |
-157.20 |
-98.30 |
Задание 4
Упражнение 1
тРНК по торсионным углам больше всего похожа на А-форму ДНК
Часть торсионных углов не определилоси - например дельта, эпсилон и зета у 11 нуклеотида 1-ой цепи. Также по углам бета, зета и гамма отклоняется 19-ый тимин.
Упражнение 2
Стебли: 4-7 с 69-66, 49-53 c 65-61, 10-12 c 25-23, 45-47D c 47Q-47K. У них странная нумерация нуклеотидов в PDB-файле: начинается всё с 4-го, 47 нуклеотидов несколько с 47А до 47Q.
6 неканонических пар: A-u(3 связи), P-G, G-G, A-U(3 связи), G-C (2 связи), G-U.
Упражнение 3
Наибольшее значение перекрывания у 5, 9 и 10 пар.