Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1X9N.pdb
Контакты атомов белка с |
Полярные |
Неполярные |
Всего |
остатками 2'-дезоксирибозы |
13 |
57 |
70 |
остатками фосфорной кислоты |
28 |
21 |
49 |
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
2 |
3 |
5 |
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
4 |
4 |
8 |
Гидрофобные контакты преобладают, возможно из-за того, что гидрофобных молекул больше в остове, который ближе к белку. Непосредственно с нуклеотидами мало контактов
Nucplot
Больше всего контактов имеет Thr639(зелёный). Его взаимодействия могут быть важны, таккак он взаимодействует с нуклеотидом недалеко от разрыва в цепи ДНК. Также может быть важным взаимодействие с Gln572(желтый), который связан непосредственно с нуклеотидом рядом с разрывом.
Участок структуры |
Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
Акцепторный стебель |
4-7 c 66-69, всего 4 пары |
предсказанные пары не соотвествуют реальным |
пары не совсем совпали |
D-стебель |
10-12 с 23-25 |
не предсказаны |
предсказаны |
T-стебель |
49-53 c 61-65 |
не предсказаны |
предсказаны |
Антикодоновый стебель |
45-47D c 47K-47Q |
не предсказаны |
предсказаны |
Общее число канонических пар нуклеотидов |
19 |
предсказанные пары канонические, но не соответствуют реальным |
предсказаны |
mfold запускался при Р=15.
