Первым геномным браузером был EnsEMBL. Он достаточно удобен. Поиск генома организован стандартно, можно загружать файлы или вводить текст. При использовании BLAST/BLAT выдается возможное расположение участка и выравнивания. Можно искать только по части генома или по геному конкретного организма, ограничить количество выданных выравниваний, менять прараметры поиска. Можно просто посмотреть информацию по участку генома.
В Contig view показано расположение участка в геноме, расположение экзонов и интронов, выравнивание. В общем, визуализация хорошая. Удобно наличие раздела Help.
Другие браузеры достаточно схожи, и удобство того или иного дело привычки. Плюс, в Vega, например есть только часть геномов.
