Поиск гомологов белка PUR1_BACSU в геноме Listeria monocytogenes с помощью TBLASTN
Число находок с E-value < 0,001 |
3 |
E-value лучшей находки |
0.0 |
Название последовательности с лучшей находкой |
AL591981 |
Координаты лучшей находки (от-до) |
88109-86724 |
Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой |
97.1 |
Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTNна сайте EBI
При поиске с помощью интерфейса к программе BLASTN на сайте EBI данная последовательность была найдена в файле EM_PRO:AB001562 c 1275 по 1454 нуклеотид, направление совпадает. В FT описан участок пересекающийся с данным, это ген gluA, его координаты 855-1775.
Поиск гомологов моего белка с помощью blastn
На вход blastn подавалась нуклеотидная последовательность, соответствующая иоему белку
E-value лучшей находки |
3e-83 |
Название последовательности с лучшей находкой |
AL591981 |
Координаты лучшей находки (от-до) |
88109-86869 |
Лучшая находка в обоих поисках одинаковая, но BLASTN получил гораздо большее E-value, возможно, за счет того, что сравнивал менее консервативный нуклеотидный код. По этим же причинам BLASTN не нашел 2 белка, найденных TBLASTN,