Программы пакета BLAST

Поиск гомологов белка PUR1_BACSU в геноме Listeria monocytogenes с помощью TBLASTN

Число находок с E-value < 0,001

3

E-value лучшей находки

0.0

Название последовательности с лучшей находкой

AL591981

Координаты лучшей находки (от-до)

88109-86724

Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой

97.1

Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTNна сайте EBI

При поиске с помощью интерфейса к программе BLASTN на сайте EBI данная последовательность была найдена в файле EM_PRO:AB001562 c 1275 по 1454 нуклеотид, направление совпадает. В FT описан участок пересекающийся с данным, это ген gluA, его координаты 855-1775.

Поиск гомологов моего белка с помощью blastn

На вход blastn подавалась нуклеотидная последовательность, соответствующая иоему белку

E-value лучшей находки

3e-83

Название последовательности с лучшей находкой

AL591981

Координаты лучшей находки (от-до)

88109-86869

Лучшая находка в обоих поисках одинаковая, но BLASTN получил гораздо большее E-value, возможно, за счет того, что сравнивал менее консервативный нуклеотидный код. По этим же причинам BLASTN не нашел 2 белка, найденных TBLASTN,

На главную


©Tsepkova Polina