Был получен фрагмент генома бактерии с помощью seqret -sask, далее были получены индексные файлы и трансляции всех открытых рамок считывания длиной более 240. С помощью blastp получены схожие последовательности из генома Bacillus subtilis
| Рамка считывания | Начало и конец во фрагменте | Направление | Число сходных последовательностей, найденных программой blastp в протеоме | Идентификатор самого близкого из найденных белков Bacillus subtilis | E-value находки |
| AAGY02000008_1 | 340 - 1680 | Прямое | 4 | PYRP_BACSU | 3e-96 |
| AAGY02000008_9 | 4294 - 5634 | Прямое | 2 | YWFO_BACSU | 6e-126 | AAGY02000008_11 | 5650 - 6453 | Прямое | 8 | YXEH_BACSU | 1e-62 | AAGY02000008_15 | 3823 - 3464 | Обратное | 1 | YLXM_BACSU | 1e-24 | AAGY02000008_16 | 3464 - 1881 | Обратное | 3 | SRP54_BACSU | 3e-143 |
Взаимное расположение гипотетических генов в Streptococcus pneumoniae
5'--[=>PYRP,340 - 1680]------------------------------------------------[=>YWFO,4294 - 5634]--[=>YXEH,5650 - 6453]-3'
3'-------------------------[<=SRP54,1881 - 3464][<=YLXM,3464 - 3823]----------------------------------------------5'
SRP54 и YLXM пересекаются, YWFO и YXEH разделены 16 нуклеотидами, а между остальными есть промежутки в 1-2 тысячи.
Взаимное расположение генов в Bacillus subtilis
5'--------------------------------[=>YLXM,1671828-1672160]-[=>SRP54,1672174-1673514]------------------------------------------------------3'
3'-[<=PYRP,1619023-1620330]-------------------------------------------------------------[<=YWFO,3859535-3860836]-[<=YXEH,4063684-4064496]-5'
Близко расположены только SRP54 и YLXM, остальные разделены
SRP54 и YLXM расположены рядом как в Streptococcus pneumoniae, так и в Bacillus subtilis, что может говорить о консервативности их расположения. У остальных белков не наблюдается консервативного расположения, в Bacillus subtilis они достаточно сильно разнесены.