Выбранные бактерии
| Название | Мнемоника |
| Bacillus anthracis | BACAN |
| Bacillus subtilis | BACSU |
| Clostridium botulinum | CLOB1 |
| Staphylococcus aureus | STAA1 |
| Staphylococcus epidermidis | STAES |
| Streptococcus pyogenes | STRP1 |
| Streptococcus pneumoniae | STRPN |
Скобочная формула ((((BACAN, BACSU), (STAA1, STAES)), (STRP1, STRPN)), CLOB1)
Нетривиальные ветви:
1){BACAN, BACSU} против {STAA1, STAES, STRP1, STRPN, CLOB1}
2){STAA1, STAES} против {BACAN, BACSU, STRP1, STRPN, CLOB1}
3){STRP1, STRPN, CLOB1} против {BACAN, BACSU, STAA1, STAES}
4){STRP1, STRPN} против {BACAN, BACSU, STAA1, STAES, CLOB1}
Занятие 2, задание 1
Bacillus anthracis и Bacillus subtilis принадлежат к одному роду, такие же пары образуют Staphylococcus aureus и epidermidis, Streptococcus pyogenes и pneumoniae. Все, кроме Clostridium botulinum относятся к классу Bacilli. Clostridium botulinum относится к Clostridia. Род Streptococcus относится к порядку Lactobacillales, остальные к Bacillales.
Bacillus anthracis и Bacillus subtilis: класс Bacilli, порядок Bacillales
Staphylococcus aureus и Staphylococcus epidermidis: класс Bacilli, порядок Bacillales
Streptococcus pyogenes и Streptococcus pneumoniae: класс Bacilli, порядок Lactobacillales
Clostridium botulinum: класс Clostridia
Дерево выделило пары бактерий одного рода в отдельные ветви. Также был выделен порядок Bacillales
Выбран фактор элонгации трансляции EFG. Выравнивались белки с помощью muscle. fprotpars выдало одно дерево, отличающееся от правильного.
((((EFG_BACAN,EFG_BACSU),(EFG_STRP1,EFG_STRPN)),(EFG_STAES,EFG_STAA1)), EFG_CLOB1);
В правильном есть ветвь отделяющая STRP1, STRPN, CLOB1 от остальных, а в полученном одна новая ветвь отделила {STAA1, STAES, CLOB1}.
EFG_CLOB1 0.000000 0.473167 0.473073 0.498217 0.491930 0.391145 0.402087
EFG_STAA1 0.473167 0.000000 0.047598 0.281382 0.288388 0.255302 0.236066
EFG_STAES 0.473073 0.047598 0.000000 0.298582 0.293437 0.265232 0.240341
EFG_STRPN 0.498217 0.281382 0.298582 0.000000 0.038967 0.275347 0.235468
EFG_STRP1 0.491930 0.288388 0.293437 0.038967 0.000000 0.267535 0.229509
EFG_BACSU 0.391145 0.255302 0.265232 0.275347 0.267535 0.000000 0.133616
EFG_BACAN 0.402087 0.236066 0.240341 0.235468 0.229509 0.133616 0.000000
Пример отклонения от ультраметричности: расстояние от BACSU и BACAN до STRP1 отличаются примерно на 0.04, но расстояние между BACSU и BACAN сильно меньше обоих расстояний до третьего. Аддитивность смотрела на примере STRPN, STRP1, BACSU и BACAN, она примерно соблюдается. Разность между максимальными суммами раcстояний ((d(BACSU, STRPN)+d(STRP1, BACAN)) и (d(STRPN, BACAN)+d(STRP1, BACSU))) составляет примерно 0.0018.
Дерево, созданное с помощью метода UPGMA совпадает с правильным. Дерево созданное с помощью Neighbor-joining метода не имеет ветки, выделяющей {STRP1, STRPN, CLOB1}, но имеет ветку, выделяющую {BACAN, BACSU, CLOB1}
Укоренённое в среднюю точку дерево. Укоренение более-менее верно, так как произошло в ту же ветку({CLOB1} против {STRP1, STRPN, BACAN, BACSU, STAA1, STAES}), что и в правильном дереве.
Укоренение с помощью внешней группы произошло в ту же ветку.
Бутстрэп-анализ также дал неверное дерево (новые ветви {BACAN, BACSU, CLOB1} и {BACSU, CLOB1}). Единственное не получившее большинства дерево также не верно. Словом, результат лучше не стал.
Верные ветви {STRP1, STRPN} и {STAA1, STAES} получили 100% поддержку. Ветвь {STRP1, STRPN, CLOB1} имеет поддержку 5,75. {BACAN, BACSU} - 24,75
