Описание пространственной структуры белка CAN_ECOLI
по данным банка PDB
PDB код 1I6O

 

На данном рисунке показана ассиметрическая единица белка Карбоангидразы. Синие цепочки — цепь α и цепь β. Зеленая и желтая цепочки — соответственно цепь α и цепь β второй части ассиметрической единицы. Селенметионины изображены структурно (в виде молекулы; серым показаны атомы углерода, синим — азота, красным — кислорода, розовым — селена). Большие сиреневые шарики — атомы цинка (лиганды); маленькие голубые шарики — молекулы воды.

Скрипт, изображающий зону контакта белка и лиганда Этот скрипт был создан для изображения взаимодействия белка с лигандом. load pdb "H:\TERM1\CREDITWORKS\CREDIT2\1I6O.PDB" background [0,0,0] set ambient 40 set specular off reset slab off rotate z -7 rotate y 4 rotate x 120 set bonds off set axes off set boundingbox off set unitcell off set bondmode and dots off # Avoid Colour Problems! select all colour bonds none colour backbone none colour hbonds none colour ssbonds none colour ribbons none colour white # Atoms colour atoms cpk spacefill off # Bonds wireframe on # Ribbons ribbons off # Backbone backbone off # Labels labels off # Monitors monitors off ssbonds off hbonds off script 1i6o.def define cont_a_zn 44a,42a, 101a, 98a, 102a echo The aminoacids which contact with ligand define AA1 44a echo The 1st aminoacid which we will change define AA2 44a echo The 2nd aminoacid which we will change #restrict within(4.5, zn) and not water and *a select zn301 cpk 400 centre zn301 select vza restrict zn301,cont_a_zn zoom 450 select cont_a_zn cpk 60 select his98:a.ne2, cys42:a.sg, cys101:a.sg, asp44:a.od2 cpk 120 select *.o and cont_a_zn label %n %r color label green echo (zn301a.zn-his98a.ne2)=2.181 echo (zn301a.zn-cys42a.sg)=2.338 echo (zn301a.zn-cys101a.sg)=2.387 echo (zn301a.zn-asp44a.od2)=2.161 echo echo Press "Enter", please! pause select protein backbone 20 color blue select vza color cpk wireframe 60 select his98:a.ne2,cys42:a.sg,cys101:a.sg,asp44:a.od2 cpk 150 select cont_a_zn color cpk select *.o and 215b label protein echo echo Press "Enter", please! pause select all label off echo echo Press "Enter", please! pause select *.o and aa1 label %n %r color label green select *.o and 215b label protein echo The 1st aminoacid which we will change is Asp44 echo echo Press "Enter", please! pause select all label off select *.o and aa2 label %n %r color label green select *.o and 215b label protein echo The 2nd aminoacid which we will change is Asp44 echo echo Press "Enter", please! pause select *.o and cont_a_zn label %n %r color label green reset slab off rotate z 22 rotate y -10 rotate x -83 zoom 450 center zn301 echo we see ASP44 in front of the picture echo echo Press "Enter", please! pause select protein and not cont_a_zn wireframe 1 color cpk select protein backbone off echo we see that aminoacids' radicals don't close the oxygen of ASP44 echo echo Press "Enter", please! pause restrict not (*.cg,*.od2, *.od1) select asp44 and *.o label ALA echo we see that ZN301 can go out the protein