Таблица 1. Количество гомологов при поиске с помощью программы BLASTP

Эукариоты	Археи	Бактерии
12	20	9

Таблица 2. Результаты поиска гомологов с помощью программы PSI-BLAST

№ итерации	Эукариоты		Археи		Бактерии		E-value IF1A_PYRAB
	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые
2	28	2	22	20	119	52	3e-32
3	59	28	20	0	132	69	2e-32
4	56	0	21	0	157	0	2e-28

Я закончила на четвертой итерации, т.к. больше не появилось новых белков-гомологов.

Теперь ответим на вопросы:
1.   Что представляет собой первая итерация PSI-BLAST?
2.   Для решения каких задач нужно использовать PSI-BLAST?
3.   Как ведет себя E-value для IF1A_PYRAB при разных итерациях PSI-BLAST? Как можно объяснить такое поведение?

1.   Первая интерация PSI-BLAST = выдача программы BLASTP при тех же условиях.
2.   PSI-BLAST используется для поиска далеких гомологов.
3.   E-value для IF1A_PYRAB увеличивается, т.к. увеличивается вероятность найти такую последовательность в случайной выборке, т.к. при каждой выборке обучающее правило становится строже, а белок все равно остается.