На главную страницу семестра

Поиск в базе данных PROSITE по паттерну в банке данных SWISS-Prot.


      Для построения паттерна был выбран фрагмент 90-110 множественного выравнивания ортологов белка CAN_ECOLI.


      Построенный паттерн: CSDSRV-[CP]-[PA]-[SE]-X-[ILV]-[LT]-X-[FL]-X-PG-[DE]-[AL]-FV

      По этому паттерну было найдено 14 белков. Были найдены все последовательности из данного множественного выравнивания, 8 белков, чьи "DEscription" незначительно отличаются от CAN_ECOLI, но по номенклатуре все они (4.2.1.1). Также было найдено две "Splice Isoform" (сплайсинговые изоформы) одного из белков.

Паттерны, известные в белке CAN_ECOLI

Идентификатор документа PROSITE (AC) Идентификатор документа с описанием мотива Название мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Насколько подпись специфична? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00704 PDOC00146 Подпись 1 прокариотических ангидраз Паттерн C-[SA]-DSR-[LIVM]-x-[AP] Cпецифична 1
PS00705 PDOC00586 Подпись 2 прокариотических ангидраз Паттерн [EQ]-[YF]-A-[LIVM]-x(2)-[LIVM]-x(4)-[LIVMF](3)-x-GH-x(2)-CG Специфична 1
PS00008 PDOC00008 N-myristoylation site (Сайт N-миристоляции??? Что это?) Паттерн G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}
G — N - myristoylation site
Неспецифична 7
PS00006 PDOC00006 Сайт фосфорилирования казеинкиназы II Паттерн [ST]- x(2) - [DE]
S или T — сайт фосфорилирования
Неспецифична 3
PS00005 PDOC00005 Сайт фосфорилирования протеинкиназы С Паттерн [ST]-x-[RK]
S или T — сайт фосфорилирования
Неспецифична 1
PS00007 PDOC00007 Сайт фосфорилирования тирозинкиназы Паттерн [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y или
[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y
Y — сайт фосфорилирования
Неспецифична 1


На главную страницу семестра


© Закирзянова Виоланта, 2005