Матрица попарных расстояний
CAH2_FLALI 0.00000 0.35402 2.54505 2.34851 CAH2_ARATH 0.35402 0.00000 2.98978 2.88842 CAN_ECOLI 2.54505 2.98978 0.00000 0.52566 CAN_HAEIN 2.34851 2.88842 0.52566 0.00000
На основе матрицы попарных расстояний были построены деревья NJ и UPGMA:
Неукоренённое дерево, реконструированное методом Neighbor-Joining
+------CAN_ECOLI
!
--2---CAN_HAEIN
!
! +CAH2_FLALI
+--------------------------------------------1
+--------CAH2_ARATH
Укоренённое ультраметрическое дерево, реконструированное методом UPGMA
+-----CAH2_FLALI
+----------------------------------1
! +-----CAH2_ARATH
--3
! +-------CAN_ECOLI
+--------------------------------2
+-------CAN_HAEIN
Скобочная формула филогенетических деревьев:
(CAN_ECOLI:0.33730,CAN_HAEIN:0.18836,(CAH2_FLALI:-0.06915,
CAH2_ARATH:0.42317):2.25310);
Как мы видим, эти два дерева абсолютно похожи, за исключением отсутствия корня у первого из них. Увы, мы не можем даже обсудить разницу в расположении ветвей или возможность установления корня первого дерева в то или иное место - в данном выравнивании всего 4 белка. Однозначно, корень этот может стоять только между узлами 1 и 2 (в первом дереве). И это понятно, ведь даже по названиям эти две группы белков различаются, а также, конечно, и по проценту сходства.