Для работы были выбраны нуклеотидные последовательности разных видов одного рода: Nitrospira moscoviensis и Nitrospira japonica. Они были найдены на странице «геномы NCBI» и представляют собой референсные геномы, собранные до хромосом.
Далее были построены карты локального сходства с помощью Megablast и BLASTN. Они представлены на рисунках 1 и 2. Ось X соответствует последовательности Nitrospira japonica, ось Y - Nitrospira moscoviensis.
При использовании алгоритма blastn появилось много черных точек на фоне. Это говорит о большом количестве повторов.
Можно заметить, что последовательности считывались с разных мест, так как выделяются 2 параллельные линии. Также на участке 2800 К – 3600 К произошла инверсия, то есть последовательность хромосомы Nitrospira japonica выравнивается с обратной последовательностью хромосомы Nitrospira moscoviensis.
В целом, линии не сплошные, есть вставки в последовательности Nitrospira japonica или делеции в последовательности Nitrospira moscoviensis (например, 200 – 400 К, 2500 – 2800 К, 3100 – 3300 К).