Я выбрала Североамериканского красногорлого анолиса (лат. Anolis carolinensis, англ. Green anole).
Североамериканский красногорлый анолис — вид ящериц из семейства анолисовых. Цвет кожи ярко-зелёный, способный меняться на ярко-коричневый или жёлтый. Цвет тела варьируется в зависимости от настроения и активности, при этом самки часто темнее. Горловой мешок анолиса имеет красную окраску. [1]
Североамериканский красногорлый анолис — модельный организм в биологии и первая рептилия, чей геном был секвенирован в 2011 году. Длина его ДНК составляет 1,78 миллиард пар нуклеотидов. [1] Референсная сборка Anolis carolinensis anoCar2.0 содержит собранные 6 макрохромосом и оставшиеся 12 микрохромосом в виде скэффолдов и групп сцепления различного размера. [2]
Поисковый запрос: Anolis carolinensis. По нему была найдена только одна сборка, которую я и взяла.
Уровень сборки - Chromosome. Это последовательность одной или более хромосом. Причем это либо полная последовательность генома без пропусков, либо фрагменты, содержащие хромосомы, между которыми находятся пропуски.
Сборка является референсной. Это значит, что она выбрана как наиболее удачная и качественная среди других последовательностей.
| Идентификатор GenBank | GCA_000090745.2 |
| Идентификатор RefSeq | GCF_000090745.1 |
| Общий размер генома | 1,799 Mb |
| Scaffold N50 | 4 Mb |
| Scaffold L50 | 119 |
| Contig N50 | 79.9 kb |
| Contig L50 | 6,217 |
N50 – такая длина контига (скэффолда), для которой половина нуклеотидов сборки находятся в контигах (скэффолдах), имеющих ту же или большую длину.
L50 – наименьшее число контигов (скэффолдов), в которых находится половина нуклеотидов сборки.
Я скачала 3 файла: с нуклеотидными последовательностями генома (в формате FASTA), последовательностями белков (в формате FASTA) и последовательностями генома с аннотацией (в формате GBFF).
1. Wikipedia
2. Кичигин Илья Геннадьевич. “Изучение состава и эволюции половых хромосом чешуйчатых”